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[GROMACS] 求助使用构建索引文件命令使用方法

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本人在模拟蛋白配体复合物体系时希望通过脚本计算氢键占有率等分析数据,但是在如图所示有一步骤时,建立索引文件卡住,求教这一步命令该怎么输入

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发表于 Post on 2023-5-26 04:47:15 | 只看该作者 Only view this author
LY123 发表于 2023-5-25 16:52
感谢老师,请问再此步-n和-o都要使用吗?
为什么我新建的索引文件无法只包括蛋白和小分子,总会有其他组 ...

其它的是默认产生的组,你不用就甭管它们就完了
-n是对之前已有的索引文件进行编辑,不写就是创建新的索引文件。-o可以明确指定产生的名字,不写就用默认的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-5-25 16:52:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-5-11 22:41
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班ppt:

感谢老师,请问再此步-n和-o都要使用吗?
为什么我新建的索引文件无法只包括蛋白和小分子,总会有其他组,如no-water、ions等

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发表于 Post on 2023-5-12 10:30:46 | 只看该作者 Only view this author
sob老师之前的这个帖子有详细解答
http://bbs.keinsci.com/thread-16290-1-1.html

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发表于 Post on 2023-5-11 22:41:15 | 只看该作者 Only view this author
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班ppt:




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