多肽封端如何补充力场参数？

bingzan

老师好，
我需要给多肽封端，用了charmmGui的pdb  reader，实现了N端acetylated 、 C 端 methyl-amid ，即CH3CONH-序列-CONHCH3。现在需要用gmx pdb2gmx 产生该多肽的拓扑文件。力场是charmm36。

使用命令gmx pdb2gmx -f  peptide.pdb -ignh -inter  -o peptide.gro N端和C端都选择了none

报错Fatal error:
There is a dangling bond at at least one of the terminal ends. Fix your
coordinate file, add a new terminal database entry (.tdb), or select the
proper existing terminal entry.

检查了力场文件包里面的如下文件merged.rtp merged.c.tdb merged.n.tdb。我认为要达到产生拓扑文件的目的有以下两个方法：
1，把封端当作一个独立残基，例如CH3CONH是ACE——但是在merged.rtp中，只发现N端acetylated 有定义“ACE”，但C 端 methyl-amid没有定义。请问要如何补充C 端 methyl-amid？
2，通过inter直接选择——在merged.c.tdb 和merged.n.tdb中，都没有定义，即无法直接通过-inter选择，请问要如何补充呢？

windy

bingzan 发表于 2023-5-21 20:00
嗯嗯，成功了，谢谢你！

请问怎么操作？也遇到这个问题，麻烦了！

c00jsw00

其實你可以使用packmol 將一個peptide pdb 當成reference 之後packing 多個peptide到一個box 裡面..再送入
charmm gui 裡面產生相關的par and top files ...

zwy123

bingzan 发表于 2023-5-21 20:00
嗯嗯，成功了，谢谢你！

你好，请问具体是怎么操作的呢，和您遇到一样的问题了

valiente1

喵星大佬 发表于 2023-5-21 11:40
去charmm-gui生成一个，然后对着参数自己去c.tdb里补一个

大佬你好，我在构建非标准残基的拓扑，请问小分子用H封端可以吗

bingzan

喵星大佬 发表于 2023-5-21 11:40
去charmm-gui生成一个，然后对着参数自己去c.tdb里补一个

嗯嗯，成功了，谢谢你！

喵星大佬

去charmm-gui生成一个，然后对着参数自己去c.tdb里补一个