计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 20120|回复 Reply: 12
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Gaussian/gview] Gview做不出ESP静电势图,谢谢!

[复制链接 Copy URL]

739

帖子

0

威望

1715

eV
积分
2454

Level 5 (御坂)

看到Sob的帖子:http://sobereva.com/253里面用Gview作静电势图的方法,linux平台下计算结果并生成fchk文件,然后通过如下介绍不步骤:
“用gview打开dopamine.fchk,选Results-Surfaces/Contours。点Cube Actions-New Cube”,在Cube Actions下面一步,New Cube是灰色的,无法操作。只有一个load cube可以操作,咋回事呢?请懂的指导一下,谢谢!

17

帖子

0

威望

669

eV
积分
686

Level 4 (黑子)

12#
发表于 Post on 2019-9-9 13:56:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-7 02:25
这个图毫无意义,是典型“错误的示范”,一看就知道绘制的人要么基本步骤搞错了,要么等值面数值胡设

...

谢谢sob老师解答~

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125174

管理员

公社社长

11#
发表于 Post on 2019-9-7 02:25:20 | 只看该作者 Only view this author
bufanzhi 发表于 2019-9-6 09:56
请问这种静电势图怎么画?请具体一点,谢谢!

这个图毫无意义,是典型“错误的示范”,一看就知道绘制的人要么基本步骤搞错了,要么等值面数值胡设

怎么正确绘制在这里已经写明了
使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图(含视频演示)
http://sobereva.com/443http://bbs.keinsci.com/thread-11080-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

17

帖子

0

威望

669

eV
积分
686

Level 4 (黑子)

10#
发表于 Post on 2019-9-6 09:56:33 | 只看该作者 Only view this author

请问这种静电势图怎么画?请具体一点,谢谢!

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125174

管理员

公社社长

9#
发表于 Post on 2019-7-2 10:40:50 | 只看该作者 Only view this author
Dawn~ 发表于 2019-7-2 10:16
看到sob老师的回复了,我昨天用同学的电脑上的gview是可以做,自己电脑上的gview怎么都不行。请问sob老师 ...

博文里一开始就写了Multiwfn的主页是什么,去那里下啊,为什么要求安装包,又不是收费的,又不是网站访问不了,又不是给没网址(况且随便哪个搜索引擎搜Multiwfn都能马上找到主页)
我的论坛签名里也明确写明了Multiwfn的主页,本论坛还有专门Multiwfn板块,里面置顶帖也明确给了下载地址。

从此放弃gview绘制静电势图就完了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

2

帖子

0

威望

9

eV
积分
11

Level 1 能力者

8#
发表于 Post on 2019-7-2 10:16:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-7-1 11:13
改用Multiwfn+VMD好得多,效果更好,速度更快,完全免费
使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范 ...

看到sob老师的回复了,我昨天用同学的电脑上的gview是可以做,自己电脑上的gview怎么都不行。请问sob老师又multiwfn的安装包吗?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125174

管理员

公社社长

7#
发表于 Post on 2019-7-1 11:13:38 | 只看该作者 Only view this author
Dawn~ 发表于 2019-7-1 11:04
同学,你好!我跟你遇到一样的问题,而且进行  “将fchk文件打开,查找里边的independent改成independant” ...

改用Multiwfn+VMD好得多,效果更好,速度更快,完全免费
使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图(含视频演示)
http://sobereva.com/443http://bbs.keinsci.com/thread-11080-1-1.html

若死活非要用gview绘制,把fch文件载入Multiwfn,选择主功能100的子功能2,导出fch,然后再试图载入gview
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

2

帖子

0

威望

9

eV
积分
11

Level 1 能力者

6#
发表于 Post on 2019-7-1 11:04:46 | 只看该作者 Only view this author
同学,你好!我跟你遇到一样的问题,而且进行  “将fchk文件打开,查找里边的independent改成independant” 操作之后,仍然不行,请问你最后是怎么解决的?谢谢!

739

帖子

0

威望

1715

eV
积分
2454

Level 5 (御坂)

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-8-22 12:49:24 | 只看该作者 Only view this author
杨小狗 发表于 2016-7-27 15:39
将fchk文件打开,查找里边的independent改成independant

谢谢,弄好了!

177

帖子

0

威望

1482

eV
积分
1659

Level 5 (御坂)

4#
发表于 Post on 2016-7-27 15:39:56 | 只看该作者 Only view this author
将fchk文件打开,查找里边的independent改成independant

739

帖子

0

威望

1715

eV
积分
2454

Level 5 (御坂)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-7-27 10:17:54 | 只看该作者 Only view this author
谢谢,我再次试试。

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125174

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2016-7-20 10:20:01 | 只看该作者 Only view this author
安装gview前必须装Gaussian,这样gview才能找到Gaussian的路径。按博文步骤计算静电势的时候gview会自动调用Gaussian目录下的cubegen产生电子密度格点数据,并计算等值面上的静电势数值。光有个gview做不到和波函数有关的任何分析处理。

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +2 收起 理由
Reason
灰飞的旋律 + 2

查看全部评分 View all ratings

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

48

帖子

0

威望

2684

eV
积分
2732

Level 5 (御坂)

楼主
发表于 Post on 2016-7-19 12:17:04 | 只看该作者 Only view this author
需要在win下面安装gaussian 软件, 计算cube,是要调用高斯程序的,gview 不带计算功能。

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +1 收起 理由
Reason
sobereva + 1 正解

查看全部评分 View all ratings

http://pymol.chenzhaoqiang.com/index.html

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-25 06:48 , Processed in 0.237918 second(s), 31 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list