计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 2639|回复 Reply: 3
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Sobtop] 求助sobtop导入chg文件和mol2文件输出itp文件不出现原子电荷值

[复制链接 Copy URL]

3

帖子

0

威望

63

eV
积分
66

Level 2 能力者

用sobtop制作itp力场文件时候chg电荷怎么都导入不进去,输出的itp文件里电荷都是0,但是chg文件里电荷那列也归零了。
我的附件上传不上去,麻烦各位老师看图了


微信图片_20230528171927.png (38.76 KB, 下载次数 Times of downloads: 10)

mol2文件

mol2文件

微信图片_20230528171918.png (65.59 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

利用multiwfn计算的chg文件

利用multiwfn计算的chg文件

微信图片_20230528172029.png (51.28 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

输出的itp文件

输出的itp文件

3

帖子

0

威望

63

eV
积分
66

Level 2 能力者

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-5-29 12:07:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-5-29 09:49
我用你的mol2和chg文件通过sobtop产生拓扑文件没发现有任何问题,sobtop的输出信息都在此文件里

好的好的,感谢社长,那应该是我自己的操作系统之类的问题了,我换个电脑试一下。

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125152

管理员

公社社长

3#
发表于 Post on 2023-5-29 09:49:12 | 只看该作者 Only view this author
Nianis 发表于 2023-5-28 17:27
昨天做的rs构型还可以导入,不知道为什么其他构型都不行,另外补充一下,我的mol2文件是orca量化计算出来然 ...

我用你的mol2和chg文件通过sobtop产生拓扑文件没发现有任何问题,sobtop的输出信息都在此文件里
output.txt (10.39 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)


原子电荷在产生的拓扑文件里很正常


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

3

帖子

0

威望

63

eV
积分
66

Level 2 能力者

2#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-5-28 17:27:52 | 只看该作者 Only view this author
昨天做的rs构型还可以导入,不知道为什么其他构型都不行,另外补充一下,我的mol2文件是orca量化计算出来然后用ofakeg转成gaussview可读的out再转换出来的,可能是这个原因?

PMD_SS.mol2

1.62 KB, 下载次数 Times of downloads: 5

PMD_SS.chg

1.5 KB, 下载次数 Times of downloads: 4

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-23 17:06 , Processed in 0.189433 second(s), 30 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list