公社群聊Q&A整理：2016.07.05 01 ~ 2016.07.07 02 Concate（含既往全文）

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2016-7-20 18:56:23

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2016.07.05 00:13:00
Q:
不好意思，打错了，是已经npt算完了，还要nvt再算吗？
A:
若没什么特殊目的就没必要算
Q:
请问老师，origin里插入的图片能裁剪吗，如何裁剪。谢谢
A:
在图像编辑程序里剪裁多好，甚至windows画图工具也行
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2016.07.05 00:15:46
Q:
[图片]origin做出的图为何如此难看？？
还不图直接multiwfn导出的好看
那是你没调好。。
A:
关了speed mode
Multiwfn已经默认调好了设置当然好看，你origin里不调当然难看
不要随意怪程序
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2016.07.05 00:21:19
Q:
请问，two-orbital reduced density matrix 和second-order reduced density matrix 应该是一样的吧
A:
没听说过什么two-orbital ，只有two-particle或two-electron
此时是一样的
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2016.07.05 00:28:26
Q:
各位大神，求助一下，用VMD分析RDF时，出现的图如下
[图片]
哪里设置错了吗
A:
本来就没错
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2016.07.05 01:17:07
Q:
We did not use diffuse basis functions for geometry optimization because our previous calculations on the anionic systems indicate that the diffuse functions are not important for the geometry optimizations although they are critically important for the final energy calculations.56,57
---- 摘自PNAS
A:
所以不要乱加弥散，毫无用处
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2016.07.05 02:28:20
Q:
请问multiwfn 进行AdNDP 分析时,一次搜索后页面只能出现280种占据吗,还是可以调整让更多的情形出现?
另外,multiwfn 进行AdNDP 分析时能像AdNDP程序一样指定占据吗?
A:
有多少就能显示多少，占据数阈值在界面里可以调，比官方AdNDP程序灵活太多了
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2016.07.05 05:00:11
Q:
cation-π interaction 哪位了解？
A:
就是阳离子正电荷和pi电子云静电势较负的区域发生静电吸引
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2016.07.05 05:35:12
Q:
在原子坐标下面空一行，写输出路径～
路径写了并且书写正确，写了之后一般会生成～
也就是既没有生成out文件，也没有生成wfn文件？我之前算的都是简单的，没有出现过这样的错误～
因为我用的window系统算的～
A:
绝对是你没写wfn输出路径或者路径写错了（生成到哪里自己都糊涂）。输出文件最后会告诉你wfn生成到了哪里。
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2016.07.05 07:00:41
Q:
大家玩耳机吗？ AKG K323XS这个塞子怎么样？
多少钱？
我买过僵尸PR200，AKG420，僵尸的坏了。AKG K420不是入耳式。
阿思翠GX50能达到K420的水准吗？
K420我买的时候要380，现在只要140了。不过，价钱不同，用料也会不一样，我相信现在的420声音比不上我买的420。
那可能跟AKG是一样的风格。
￥799 呀
算了，超出了我的消费水平了。
我只买400以下的。
我还买过OVC T10 100元。国产货，还行。可惜现在这个厂商估计都关门大吉了。
[图片]
[图片]
就是一篇讽刺文
A:
我就用潜49已经很知足了
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2016.07.05 07:20:19
Q:
Multiwnf
请问Multiwnf 只能读取Guaussian得出来的cube chk wfn数据吗
A:
能支持的格式多了去了，看手册2.5节
从来没说过能直接支持chk
任何第三方程序都不可能直接利用chk，只能利用fch
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2016.07.05 16:44:18
Q:
把核占满之后，别人想登录这个节点，都变得很慢很慢了。。。哈哈哈哈哈。。
A:
有超线程就会体现出好处了，有剩余处理能力
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2016.07.05 16:51:32
Q:
sob老师，看了您的关于重组能分解的帖子，如果我想用正动模式分解整体的重组能，该怎么分解呢？谢谢老师
A:
帖子里不是说了
例子都有
Q:
嗯嗯，老师，我再看看吧。我看到的是分解其中一个重组能。谢谢老师。
A:
没有什么“其中一个重组能”的说法
重组能对应体系在其两个电子态之间变化导致的结构弛豫
一个给定的过程对应于一个重组能，重组能可分解为其中一个电子态极小点的正则振动的贡献，具体做法就是文中说的
Q:
sob老师，我知识懂得太少了，我知道重组能是由两部分构成，而我看的是对S0振动模式对[图片]重组能的贡献。我想问老师当我看到[图片]的时候，我觉得应该是T1和S0振动模式对重组能的贡献，老师，我理解的有问题吗？
A:
没法说“T1和S0振动模式”，重组能分解用的是末态电子态极小点的振动模式做的分解，故只能是其中一套振动模式
Q:
谢谢sob老师。那黄昆因子是用的是对S0最小点振动模式的分解，对吗？
A:
也可以以其它电子态的振动模式来分解，关键是你研究的过程是什么，只要记住必须用末态的就完了
S0若是始态的情况当然不能用S0的模式来分节
Q:
sob老师，经您一说，我好像懂了。谢谢老师。可是我还有个问题，我看文献要算的的是T1到S0的过程，但是它的重组能用的是对T1的文件进行分解，老师，我不理解？
A:
说明不合理
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2016.07.05 17:01:50
Q:
谁能告诉我分子的自旋怎么选？比如-1价醋酸根离子的spin是多少？O(∩_∩)O谢谢
A:
自旋多重度=1
Q:
谢谢，那-2价离子呢，刚学高斯，很多东西都不懂，见笑
比如-2价丁二酸离子，O(∩_∩)O谢谢
A:
不是-2价，而是净电荷为-2。此时体系是奇数个电子，自旋多重度必为偶数，2,4,6...对有机分子来说一般是自旋多重度最低的，即二重态是能量最的态
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2016.07.05 17:02:18
Q:
老师:您好！对于高斯计算，用16核，多大内存合适？我试了好多……，都不对
A:
看你机子有多大内存。如果没其它任务跑，物理内存减去4GB后全分配给高斯。
Q:
嗯，好的……谢谢老师……我马上试试……
老师:您好！根据您说的……我改了，可还是出错，发现只能用4核，然后内存选择1000或者800.等，但是内存为3000的时候，也会出错
A:
windows版顶多设1500MB，对于Win10据说还得再降，试试就知道了
32bit版就是这种限制，最多4核
嫌限制太死就用linux版
要么自己买个64bit版
Q:
嗯，好的……谢谢老师……那我去装64的……
A:
网上没64bit windows版gaussian
光是系统64bit没用
Q:
嗯，这次我们买了最新版的高斯，应该是64位，我去看看……之前老师您说没多大改动，所以……我就偷懒没换……
老师系统也必须是64bit?
A:
64bit系统才能用64bit程序
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2016.07.05 17:19:36
Q:
Phys. Chem.是哪个期刊？
A:
没听说过Phys. Chem.，至少不是SCI
Chem. Phys.则是知名的
Q:
[图片]
A:
哪能省了Z.
Q:
Phys. Chem.2010年的是132,133卷，应该不是Phys. Chem.，
省了Z.？
A:
Z分明是斜体的
Q:
主要是对Z. Phys. Chem.,这个期刊不熟[表情]
Z. Phys. Chem.,是哪个期刊？
A:
http://www.degruyter.com/view/j/zpch.2010.224.issue-7-8/zpch.2010.6142/zpch.2010.6142.xml
一搜就有
Q:
，你是怎么做到的，这么快就搜出来了？
A:
google搜啊
一搜找到主页，输入卷号和页码，立刻出来了
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2016.07.05 17:25:50
Q:
Sob老师，原则上来说像B3LYP这样的杂化泛函与纯泛函相比对共轭体系的描述比较好（以前也是这样的），现在发现一个体系高估了激发能，如果我上纯泛函，会被怎样诟病？ [表情]
是噻，但是这些低HF泛函都感觉不是太主流
[图片]
SOB老师，您看直接上GGA/PBE如何？
A:
Lee 可以试试
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2016.07.05 17:31:46
Q:
请问大家高斯09中的NBO功能，可以计算化合物中的离子成分和共价成分吗？
A:
2群昨天刚有人问过
[图片]
Q:
Sob老师请问用NBO做NRT分析，具体怎么做呀？
A:
先google，找不到答案我明天跟你说
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2016.07.05 17:35:54
Q:
请问各位大侠，极化率算出来是负值有什么意义吗？
A:
根据公式理解意义，从能量上和对偶极矩的影响上
[图片]
Q:
哦，谢谢Sob老师，我可不可以这样认为仅仅是粒子电荷分布的不同造成能量反号，就像画出电荷的差，假设绿色得到了是正的极化率，那么如果计算结果是蓝色就会得到负的极化率？
A:
分子对外场的响应行为不同
如果分解为不同区域的贡献可以看
使用Multiwfn计算超极化率密度
http://sobereva.com/305
Q:
我想请问一下利用multiffn绘制分子的自旋密度图的详细过程，有哪位老师或者是同学可以帮我发一下链接吗
A:
[图片]
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2016.07.05 17:59:49
Q:
大社长，用解析法计算超极化率，在改变坐标系并加入nosymm之后，超极化率的整体值变化很大，请问是否整体值以解析法自动改变坐标为准，关注的分量以前者处理方法为准？
A:
没法说以什么为准，本身朝向的选取就是任意的
Q:
因为要分析其中的一个分量，所以自定义了坐标，然后用nosymm固定住，但算出来的整体结果差了4000多
A:
讨论分量时必须指明当前的朝向
Q:
指定了，我指定了朝向算出来的整体和不指定的差了这么多
A:
对比一下不用nosymm时候自动旋转后的朝向就清楚了
Q:
如果看整体的话，以不指定算出来的为准？
A:
先看看指定与否对总值的影响
Q:
指定了，总值17000，不指定，总值13000
A:
就用标准朝向
除非你自己摆朝向有特殊目的
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2016.07.05 18:05:18
Q:
各位老师好，服务器重启后出现了这样的问题，请问这个问题要如何处理呢？[图片]谢谢各位老师。
A:
很正常
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2016.07.05 18:24:21
Q:
请问老师，我在做IRC时出现这样的情况[图片]第29步是过渡态结构，30步出现了跳跃，log文件出现了l123的错误，但IRC起点和终点是要的结构，请问老师这样结构可用吗
A:
可
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2016.07.05 18:27:18
Q:
请问老师gaussview载入时出现unable to orient di[pole derivatives是什么情况啊
A:
不用管它
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2016.07.05 18:28:54
Q:
http://sobereva.com/186请问大家能打开sob老师的博文吗？昨天还好好的，今天打不开了，谢谢各位了
哦，谢谢你们啊，我找了好几个同学也没打开，咋回事啊
A:
绝对能打开，一次打不开多刷几遍
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2016.07.05 18:45:09
Q:
请问一下，Gaussian 如何计算分子荧光光谱，需要几步计算呢
A:
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
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2016.07.05 19:22:15
Q:
老师 http://sobereva.com/82 这里面的例子都是有对称性的，如果没对称性，也可以想办法这样弄么？
A:
跟对称性完全无关
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2016.07.05 19:30:12
Q:
open-access publication这种杂志是什么意思收费的还是免费的
A:
免费观看。通常发表时收费
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2016.07.05 20:39:52
Q:
求sob老师关于泛函HF百分率定义的那个博文
比如B3LYP我想定于 15%
A:
[图片]
Q:
上午B3LYP算出来光谱蓝移了，PBE又太红移了
[图片] 实验光谱；
PBE和B3LYP光谱
[图片]
已醉
该HF，总比用O3LYP：11.61% 好，我是这么感觉的
或者试一下ωB97X？
求同志们给个意见
A:
wb97x肯定会更蓝
Q:
所以我感觉还是用B3LYP* 合理
不不不，不是为了贴实验。是因为泛函对于激发能的估计不准。
机智如我
A:
不过B3LYP*本来是用来改进B3LYP算配合物单-三重态能量差不准才提出的，若被问起为什么用这个，可能比用O3LYP还难回复
Q:
sob老师的意思就是我还不如用O3LYP？
A:
还没见过有人用B3LYP*算光谱的
如果O3LYP和实验对得好，索性就这个了
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2016.07.05 20:41:08
Q:
老师怎么在gromacs里面设置体系的PH值为恒定的值谢谢您
A:
没法设
Q:
[表情] 那一般是怎么改的PH值呢谢谢
A:
没法改PH，只能根据PH来设定溶剂分子的质子化状态而已
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2016.07.05 20:46:12
Q:
这次培训的费用如何？网站上的通知里面是不是没有写？
A:
通知里有
Q:
组团报名有没有优惠啊
A:
没
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2016.07.05 23:08:43
Q:
请问NBO是不是不能用于空轨道成分分析呀？
可以啊
A:
很不适合，因为此时里德堡成分太大
应当叫NAO或NAOMO方法分析轨道成份，而不是NBO
分析原子的贡献用Hirshfeld或becke，分析基函数或原子轨道的贡献用SCPA
Q:
multiwfn说明书里面有示例吧
Hirshfeld应该是老师最推荐的
A:
4.8节有例子
Q:
好的，谢谢老师
A:
Hirshfeld没法分析原子轨道/基函数/壳层的贡献
Q:
手册里第四章没有讲SCPA啊，只是在介绍NAO的时候提了一下
A:
操作和mulliken完全一样
没必要再说一遍
具体介绍在3.10都有
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2016.07.05 23:33:23
Q:
老师，直接用fragment 初猜，后面如果计算对称性破缺，还需要用guess=mix么？
A:
片段初猜目的就是算对称破缺，还用mix干嘛
Q:
谢谢啊
用片段fragment 初猜的波函数，自旋还是看到了，用guess(read) scf=nosymm 又回去了，还是没得到自旋极化单重态
A:
没准基态就是闭壳层
要么stable=opt搞搞
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2016.07.05 23:54:53
Q:
7月份的培训主要是讲高斯系列的软件吧
A:
理论方法+计算技巧+高斯
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2016.07.06 00:29:52
Q:
请问Sobereva老师，用multiwfn进行AdNDP分析时，每次搜索最多只能看到280个占据情况吗，如何调整设置可以看到更多？另外，AdNDP程序可以指定占据，Multiwfn不知是否也能指定？
A:
[图片]
Q:
可是那个界面上最多只显示前280个，占据数调再低，也不能增加显示，请问如何调整？
A:
增大窗口缓冲区，看手册5.5节
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2016.07.06 00:46:25
Q:
Gaussian saveAmplitude ，不能保存振幅吗 @LiYuanhe
A:
大抵不能保存
有兴趣可对比用和不用时候时候chk的大小
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2016.07.06 00:53:10
Q:
请问大家谁有这本书？ quantum chemistry Levine
A:
群共享里就有
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2016.07.06 01:41:59
Q:
张量分析难不难学？
二阶张量就是一组矢量？
三阶张量就是一组二阶张量？
A:
二阶张量形式上就相当于矩阵，写为两个矢量的张量乘
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2016.07.06 02:20:05
Q:
请问，我Gaussian自定义基组 aug-cc-pVDZ
[图片]
为什么这个s壳层，被减去了一个。
[图片]
A:
高斯会自动对dunning基组简化，看Chemical Physics Letters 260 (1996) 514-518
如果你想不让高斯这么干，用int=NoBasisTransform
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2016.07.06 02:27:12
Q:
请问在哪可以下载这个软件 swizard.exe
A:
忘记那个软件。Multiwfn可以实现所有swizard能实现的功能，还更方便更强大
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224
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2016.07.06 03:17:19
Q:
可是纵坐标的单位不同，会导致横坐标的数值的变化
我就是想知道我要是以kj/mol为单位，那横坐标的值该怎么变化呢
A:
横坐标显然是能量。不用管纵坐标。讨论轨道能量的时候从来没有用kJ/mol为单位的，数量级明显不合适
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2016.07.06 03:44:21
Q:
求一份最新的polyrate源码，多谢
A:
直接去truhlar组页面上申请，不要钱
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2016.07.06 04:04:12
Q:
[图片]请问老师，XYZ 是Cart坐标，那dx dy dz是不是也是Cart坐标啊，这是在VASP上做频率的计算
A:
是
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2016.07.06 04:24:13
Q:
请问各位老师，RECP60VDZ这个基组在EMSL中没找到对应的基组，是名称对应有问题吗，应该怎么找到这个基组呢？
A:
甭用稀奇古怪的赝势
Q:
我计算稀土元素不收敛，打算采用逐步增大基组的方法收敛。那对于Nd3+,我最终打算用MWB28，我先用小的基组算，哪个基组比较合适呢?@Sobereva
对于Nd，我只知道MWB28这一个基组
A:
用大核SDD赝势。大核比小核好收敛
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2016.07.06 04:29:26
Q:
过去做科研的方式，弱爆了，看我的！[表情]
[表情]看看大社长对于这个问题是怎么看的
A:
以前做科研的方式弱爆，但现在做科研的人弱爆
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2016.07.06 09:23:26
Q:
请教用找到的过渡态结构算CBS 为什么最后结构变了？@LiYuanhe
A:
你先搞懂热力学组合方法基本原理，原理都没搞懂怎么用。热力学组合方法都会自动先优化
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2016.07.06 13:26:23
Q:
sob老师,我在优化反应物结构的时候，高斯给出了错误提示：
this job cannot use analytic gradients
and so will do many energy evaluations
请问是什么原因呢？
各位老师如果知道，请指点，谢谢！
A:
暗示你用没有解析梯度的方法优化是极不明智的
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2016.07.06 13:42:25
Q:
请问分子的偶极矩在哪里看？
A:
输出文件末尾
Q:
[图片]这个？
三个值是x y z三个方向的？
A:
[图片]
Q:
不同朝向偶极矩不同？
一般用的是Dipole moment里面的Tot是吗？
读最后一个Dipole moment里面的Tot是吗？我这里[图片] X Y Z都有值，Sob老师的X Y是0
没有问题吧？
A:
如果不想求甚解，回答是y
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2016.07.06 16:30:37
Q:
热力学组合方法我是忍受不了，24个原子算到CCSD（T）那一步，出一行就得等个把小时。。。
A:
用差点的诸如CBS-4M肯定算得动
G4那种也就算十几个
----------------------------------------------------
2016.07.06 16:42:41
Q:
请问，高斯在计算频率的时候出现l601错误，该如何解决呢？
[图片]
[图片]
A:
又见胡用numer，自讨苦吃，看第13点
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
看错了，不是SCF
换个基组再试
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2016.07.06 16:49:26
Q:
请问哪有高斯出错代码对应问题的资料下载啊
A:
没这种东西
或许网上能搜到，但大多都是错的
Q:
其实常见的错误提示也就是那几个。。非常见的可以群里请教一下
A:
碰见报错先到计算化学公社google搜索框搜，搜不到再问，把报错提示贴完整。有些属于程序bug，只有高斯开发者知道解决方法，需要发邮件给官方客服
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2016.07.06 16:51:42
Q:
你以为呢，[图片]
这是有人对sob老师的评价哟
大好人
A:
无聊透顶
看到这种评价就觉得恶心
毫无意义的头衔
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2016.07.06 16:53:34
Q:
请教一个问题，我在计算矿物分子簇频率的时候，将外围的原子固定在了优化的位置，仅留少部分flexible原子计算频率，但是为什么到频率计算就无故终止了，最后却没有出错的提示信息？[图片]
A:
重算一遍再试
如果是老版本试新版本
必然是bug，要么是巧合
Q:
老师我是09 D.01
那我在重算一遍
谢谢老师
A:
如果整体已经优化过，只是对单一结构算个频率而已，这么做其实并无意义。最后频率还是给你整体的。
Q:
老师，最后算出的频率是可移动部分原子个数的3n个频率，这个频率也是整体的么？
A:
看来是只保留了Hessian当中非冻结原子之间矩阵元，其它都清零了
Q:
是的，在没有固定原子的时候，其自由度是3n-6。谢谢老师耐心解答
A:
这种做法算出来的频率物理意义比较诡异
Q:
一是为了节省时间二是想把平动和转动自由度给去掉
我是这样想的，因为真实晶体中本就没有平动和转动自由度，现在有了只是因为人为的把晶体当做分子簇处理了，不知道我这么想对不对。。。
A:
Days 节省不了时间。高斯还是照样算出来整个Hessian，只不过最后对角化的时候只对角化子矩阵给出那部分原子的频率，但这一步根本几乎不费任何时间。
根本不用考虑去掉平动转动，本身平动转动就不会和内振动发生混合。你看到的正则坐标也看不到有整体平动转动的痕迹
有兴趣去看我写的hess2freq程序的文档，有细节
Q:
其实起初我也是倾向于不固定任何原子，但是算出的频率却不满足Teller-redlich rule，相差约在千分之几，甚至千分之十左右，但是在固定一部分原子之后，却吻合的很好，所以我们就推测可能是因为平动和转动的影响
A:
[图片]
本身平动转动从原理上就根本不影响你算出来的频率，虽然实际计算时对角化3N*3N力常数矩阵后平动转动频率会有一点点，高斯也会自动给投影掉，一比较投影前后就知道根本几乎没影响
吻合很好大抵只是巧合
Q:
虽然平动和转动部分很小，但是我计算了十多个体系，都是这样的状况，所以就倾向于固定部分原子，之前老师说这样计算的频率很诡异，有没有一些可能会被别人诟病的点呢？我很担心文章发出去被别人说这样的计算不合理==
A:
反正我从道理上很难信利用冻结算的频率
内振动跟平动转动八竿子打不着
----------------------------------------------------
2016.07.06 16:53:34
Q:
今天下午有一个讲氢键的离子化效应的，我突然想到一个问题，氢键可以不可以像化学键一样做轨道分析呢？
包括一些弱相互作用，是否可以呢？
可不可以这么理解，只有共价键这样原子间作用力很强的才可以用轨道分析，除此之外，都不能用
A:
也不是看强弱，主要看共价性
纯粹的离子键，即便很强，用轨道也不适合分析
Q:
看来只有共价键成分很大的键才适合做轨道分析[表情]
A:
恩
Q:
大社长，能否给Multiwfn加一个功能，分析某个特定的键的共价成分和离子成分？
A:
没有很好的、普适的这种方法，算键的极性之类倒是有很多做法。
前些天提到的NBO之前里面那种算共价比例的做法手动就能做
Q:
[图片]请问下sob老师，形成氢键的分子轨道是怎么做的呢？
A:
使用Multiwfn绘制NBO及相关轨道
http://sobereva.com/134
除非强到共价性已经开始凸显，否则用轨道讨论氢键在我来看是邪教
对于其它静电主导的作用也都如此
Q:
请问，怎么计算NBO？
A:
NBO分析资料汇总
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=102
Q:
[图片]请问老师这个是如何看出来的？
A:
输出文件里就会告诉你E2作用能
Q:
[图片]前面的198是指的分子轨道吗？
A:
NBO轨道
Q:
那形成氢键的分子轨道为啥不一致呢[图片]
A:
如果你用savenbo，程序会自动重排编号，这里写了
使用Multiwfn绘制NBO及相关轨道
http://sobereva.com/134
Q:
这个博文其实是看过的，但是还是不明白形成氢键具体是哪两个轨道的叠加，不清楚从哪里可以查的
A:
你看E2大小，找大的，找到对应的NBO轨道编号，然后去看就完了
PS：拿轨道讨论氢键很糟糕
Q:
因为看到几篇文献在用分子轨道讨论氢键，所以才想到的
A:
[图片]
Q:
[图片]这是用分子轨道分析氢键的文献
A:
这叫NBO轨道，不叫分子轨道
分子轨道分析氢键毫无用处
NBO至多有1%的用处
----------------------------------------------------
2016.07.06 17:08:21
Q:
请教大家高斯计算的时候如何读取力常数？
A:
基于fch中的Hessian矩阵计算振动频率的简单程序Hess2freq
http://sobereva.com/328
用#P的时候输出文件里也有
Q:
高斯计算的时候如何读取力常数？@Sobereva
A:
给你回了啊，仔细看回复
Q:
读取力常数的时候需要.FCH
读取力常数的时候需要.fch文件吧？
A:
需要chk而不是fch
而且chk里必须已经记录了hessian
Q:
这个chk文件如何能得到呢?
A:
freq任务得到
Q:
就是需要先计算一下猜测过渡态结构的频率然后再读取chk文件然后用TS来计算激发态的过渡态，是这样的顺序吧？
A:
y
----------------------------------------------------
2016.07.06 17:10:03
Q:
Sob老师您好，想请问老师一下，混合溶剂的溶剂化能计算可以使用高斯中含有的且esp相近的溶剂代替并使用SMD模型呢？谢谢老师[表情]
A:
scrf(SMD,solvent=比例占主导的溶剂名,read）。末尾空一行写eps=xxxx，是按体积比例混合算的值。
Q:
混合溶剂不适合用smd计算，没有人做过测试，不知道近似引入的误差是有多少，干脆用iefpcm得了。如果想算得准可以用cosmo-rs，随便你怎么混合
A:
IEFPCM并不能解决问题
哪怕用IEFPCM，只要你考虑了非极性部分，还是没法严格用混合溶剂，无论是哪个溶剂模型，非极性部分都依赖于额外的溶剂参数
Q:
谢谢老师的指点，还有一个小困惑，就是我使用SMD溶剂化模型时，使用esp相近的溶剂替换显得不大合理？
A:
没我的做法合理。
溶剂不光是有eps这一个参数，还有很多其它参数诸如表面张力会影响非极性部分的结果。
eps相近的溶剂，未必其它参数相仿佛，所以还不如用占比例最大的溶剂的，只不过把eps改成混合的情况
----------------------------------------------------
2016.07.06 17:32:11
Q:
老师，您好，gaussian计算软件在超算上运行的时候计算激发态优化总是在tmp的文件夹里产生一个特别大的文件，然后没有运行完就超出超算给我们分配的磁盘空间了，这个在tmp中的文件可以删除吗？
A:
可以，反正也没用了
Q:
有没有什么命令可以自动删除的？
A:
只有正常算完了才会自动删除
----------------------------------------------------
2016.07.06 17:35:30
Q:
老师，sob老师您好，我利用VASP进行频率计算，结果显示只有一个虚频，有没有什么可视化的软件可以知道这个频率是哪些原子在振动？
A:
信息量不够，传输出文件才可能能判断
----------------------------------------------------
2016.07.06 17:46:23
Q:
pbs软件有什么用啊？
个人单机安装有用吗？
A:
没用
----------------------------------------------------
2016.07.06 17:49:19
Q:
[图片]
问下各位老师这个命令干啥的
A:
自行google
----------------------------------------------------
2016.07.06 17:49:19
Q:
[图片]老师计算NBO正常结束，但是fchk用GV无法计算轨道图
A:
甭用中文路径
Q:
[图片]老师英文路径也不行啊
发给您看看
A:
[图片]
fchk无问题
Q:
我使用GV做不出来，是不是体系太大了？
A:
大抵
gv看这么大体系轨道，泡好泡面的功夫都未必够
----------------------------------------------------
2016.07.06 17:49:19
Q:
请教，为何word有时突然变成这样，看起来不可逆
关于word那个是回复我的么[图片]
A:
cubegen那个
----------------------------------------------------
2016.07.06 18:11:19
Q:
老师，我用amber得到了溶质小分子在溶液中的动力学的轨迹，现在我想要计算一下溶质小分子与溶剂之间的相互作用。请问我应该怎么处理呢？麻烦老师指点我一下
A:
很多分析方式
诸如rdf、绘制溶剂分布等值面（http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=3642）
或做aRDG分析，见
使用Multiwfn研究分子动力学中的弱相互作用
http://sobereva.com/186
等等
Q:
看了sob老师介绍的aRDG，好像只有freeze要考虑的分子才能分析吧
A:
对于刚性分子，之后align一下轨迹也可以
Q:
[图片]老师，这是我做出的RDG散点图，没有明显的spike是不是就说明该分子没有弱相互作用，或者弱相互作用很小啊
A:
用Multiwfn+VMD做RDG分析时的一些要点和常见问题
http://sobereva.com/291
[图片]
看等值面图，甭光看散点图
Q:
请问老师做aRDG分析的时候[图片]颜色有没有标度尺之类的，例如这种color scale[图片] 谢谢
A:
弄出标尺的方法这里提到了
使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布
http://sobereva.com/196
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2016.07.06 18:13:54
Q:
之前讨论过的共轭有机体系，基态优化用opt freq b3lyp/6-31g(d)
垂直激发（吸收光谱）用PBEPBE/6-311G(d) IOp(3/76=1000003750) IOp(3/77=0625006250) TD=(Nstates=50)
超极化率用PBEPBE/gen IOp(3/76=1000003750) IOp(3/77=0625006250) polar=(DCSHG)
那么请问，我想做激发态优化然后绘制发射光谱，激发态的优化是否可以用opt td b3lyp/6-31g(d)（与基态优化同一水平）
A:
可以
超极化率别用PBE啊，严重高估
Q:
激发提优化如果用cam-b3lyp是不是更好些？
提？
激发态
[图片]
没见到优化激发态结构
A:
不值得单独提
就用算激发能的就行
----------------------------------------------------
2016.07.06 18:23:40
Q:
sob老师，请问黄昆因子的计算[图片]，应该除以约化后的普朗克常数，我看帖子发现直接就除以普朗克常数了，这样对吗？谢谢。
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2016.07.06 18:24:28
Q:
分析物质A吸附物质B后形成物质A-B这个过程中的电子转移情况，具体到s d p轨道上，应该怎么做呢？
A:
NPA分析
Q:
利用Multiwfn可以搞定吗？
A:
pop=npa
----------------------------------------------------
2016.07.06 18:28:37
Q:
技术性问题，是否除了有弱相互作用或者阴离子，否则几何优化尽量不要用弥散？
A:
恩
即便是阴离子，实际上不加弥散也不会对优化引起显著影响。
静电主导的体系优化根本都不需要弥散，即便色散很重要，3-zeta不加弥散优化基本也够
----------------------------------------------------
2016.07.06 18:30:02
Q:
老师，我想计算一下溶质与溶剂之间的静电势，vdW等。请问我用什么最合适呢？
A:
根本就没法这么说
含糊不清
Q:
老师，我想计算的是溶质与溶质，溶质与溶剂之间的相互作用的能量分解（静电相互作用，vdW）
这个可以算吗/
?
A:
vdW什么鬼？
Q:
是不是van der Waals。。。
van der Waals?
A:
不是说全称
Q:
是的
非键相互作用
A:
分子间的vdW，算个啥？
Q:
分子与分子之间的非键相互作用
这样说不对吗？
A:
动力学程序直接就能给你分子间静电和LJ作用能
用语必须严谨严格
要说完整，诸如分子间的vdW作用能
Q:
好的好的，以后一定注意。那就是说直接就可以从轨迹文件中提取吗？
A:
光靠轨迹显然提取不了
具体怎么搞看你的程序
诸如gmx用energy_grps，之后edr里就有指定group之间的作用能
----------------------------------------------------
2016.07.06 18:39:13
Q:
老师好，我想看优化过程的轨迹。但是在results-optimization这，optimization是灰色的，我想问下解决办法
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2016.07.06 18:46:26
Q:
各位老师好，想请教老师们一个问题，计算产物比例有没有什么经典的公式呢，
A:
根据Boltzmann分布计算分子不同构象所占比例
http://sobereva.com/165
----------------------------------------------------
2016.07.06 19:09:38
Q:
各位前辈好！能问一下：# m06l/6-311++G** scrf=(pcm,solvent=generic,read) nmr 如何在输出文件中找到H NMR的化学位移？
A:
[图片]
算个TMS的，算个你的分子的，红框处数值相减就是化学位移
----------------------------------------------------
2016.07.06 19:20:43
Q:
老师，我这是什么错误呢？[图片]
A:
输入文件末尾加俩空行
Q:
好的
这个呢算到中间不动了不知道是什么问题
[图片]
A:
重算一遍
临时文件被删掉了
----------------------------------------------------
2016.07.06 19:24:16
Q:
pbe1pbe的交换相关部分分别是什么？
A:
PBE
Q:
都是pbe吗
A:
交换部分还有25% HF成份
----------------------------------------------------
2016.07.06 19:34:02
Q:
想请教一下，用NBO5.0算电荷时，出现这个increase parameter MAXBAS错误信息，是什么原因呢？谢谢
A:
体系太大，超过NBO5处理范围
要么用NBO6，要么重新编译，编译前把源代码中这个参数设大
----------------------------------------------------
2016.07.06 19:45:22
Q:
老师，用GV做下面这样的HOMO、LUMO图时，density的值设置为多少合适呢？图如下：[图片]
A:
0.02~0.05
Q:
我这个图设置的0.03，老师觉得这个图做的标准吗？
A:
还成
----------------------------------------------------
2016.07.06 19:53:05
Q:
[图片]
请问几何优化103报错，怎么处理呢
A:
opt=cartesian
----------------------------------------------------
2016.07.06 19:53:41
Q:
请问，哪种软件能够搜索多篇pdf中的内容而不需要一个个打开搜索？
A:
acrobat
----------------------------------------------------
2016.07.06 23:03:47
Q:
[图片]
问一下各位老师，这个NICS值看哪里？
上面的isotropin值，还是下面ZZ=的那个值
A:
isotropic
----------------------------------------------------
2016.07.06 23:21:27
Q:
老师好，怎么计算重组能
A:
使用Dushin分解重组能和计算Huang-Rhys因子
http://sobereva.com/330
----------------------------------------------------
2016.07.07 00:24:20
Q:
请问下老师，我用nbo plot文件在做nbo轨道时，又没有用.fchk文件，后面的一些轨道没有了，该如何解决呢？
A:
什么叫没有了？
Q:
[图片]这是wfn图
我想看[图片]212号轨道
这是相关文件
A:
传输入输出文件
Q:
弥散在里面没用，这是以前算的。
A:
你这NBO plot文件根本不对应当前输入文件，哪有可比性？
Q:
那我再梳理下吧，有点乱。用plot文件是不是所有轨道会输出且顺序和wfn所标轨道顺序一致呢？
A:
NBO plot里的序号就是Multiwfn里看到的序号，和NBO输出文件里一样
----------------------------------------------------
2016.07.07 00:35:54
Q:
请问再高斯里面如何把结构变成镜像的，不改gjf文件。像cylview一样。
A:
edit-mirror invert
----------------------------------------------------
2016.07.07 00:40:15
Q:
[图片]Sob老师Gaussian有方法算这种激发态的单原子粒子间的相互作用吗[表情]
A:
就是扫描个势能曲线而已。能算
Q:
谢谢Sob老师，但是扫描的时候如何指定每个原子都处于激发态呢？
#p rcis(root=1)/aug-cc-pvqz scan
H2 excited states
0 1
H1
H2 H1 r
r 0.5 20 0.2
这样扫的话是指一个H处于第一激发态还是两个都是呢？
A:
激发态是对于整体而言的，分子体系里没法只让某个原子处于激发态
激发态是对被计算的整个体系而言的
Q:
老师，如果我的体系并不是分子，只是两个原子呢？比如就是两个原子的碰撞过程
A:
两个原子也算同一个体系内的
----------------------------------------------------
2016.07.07 00:44:00
Q:
我记得高斯里没有键的概念，只是原子之间的距离。不知道这句话对不对啊sob老师
A:
分子力场计算是依赖于键连设定的，量化计算事先设定键连关系毫无意义
Q:
那么我在优化分子的时候优化完苯环都变成双键了，这个有问题么
A:
看看键长
可能计算级别有问题
距离过近才会判断为双键
----------------------------------------------------
2016.07.07 00:47:14
Q:
请教一下大家，想这样的聚合物如何用g09进行HOMO/LUMO模拟计算谢谢
[图片]
A:
周期性体系没有HOMO/LUMO的概念
要么把单体两端饱和，当成分子算HOMO/LUMO，要么对聚合物做一维PBC计算得到HOCO/LUCO（CO=crystal orbital）
----------------------------------------------------
2016.07.07 00:57:58
A:
公告：2016北京科音量子化学基础暑期班报名人数已达上限，从现在起不再接受新的报名。下届基础量化培训将在明年举行。
公告：2016北京科音量子化学基础暑期班报名人数已达上限，从现在起不再接受新的报名。下届基础量化培训将在明年举行。
Q:
73人？
啥时候有高级班
A:
126（因为可能会有个别不来的，实际人数会比这个少）
后年
Q:
老师，刚刚给您发的报名信息还算吧
A:
下学期还有gmx班
只要工作人员给你回复了就算
Q:
群里只有73哦
A:
还有很多没付款呢
Q:
看来我趁早付款还是对的
价格几何
注册费是12号之前交就可以了吧？
A:
还是1000左右。科音办的三、四天的培训都是这个价格
恩
----------------------------------------------------
2016.07.07 01:05:53
Q:
为什么opt时，加上counter=n的关键词，chk文件就不能成功转换成fchk。不加就可以成功转换
A:
counterpoise只是算相互作用能时用的，不要和产生fch搅合在一起，否则你都不知道这fch对应什么状态
Q:
我再计算弱相互作用，opt时含counter=n，生成的chk就是不能转换成fchk，所以没法mayer能量分解
A:
优化时候不要用counterpoise!
没解析梯度自讨苦吃
----------------------------------------------------
2016.07.07 01:06:12
Q:
sob老师，RI-MP2和MP2什么区别？高斯能用RI-MP2吗？RI-MP2是不是可以代替MP2加BSSE校正
A:
这里说了
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214
高斯不支持RI-MP2
RI跟BSSE八竿子打不着
----------------------------------------------------
2016.07.07 01:07:23
Q:
老师，请教一个问题，我算的一个体系，老是收敛失败，有什么解决办法吗？
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
----------------------------------------------------
2016.07.07 01:25:42
Q:
请问老师，在查看HOMO/LUMO图时为什么这样显示，[图片]，HOMO/LUMO分别对应什么值呢
A:
[图片]
Q:
但是，老师，我的这个结构设置的电荷是0
A:
跟电荷有啥关系？
----------------------------------------------------

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