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[GROMACS] 请教:冻结原子后还会产生位移

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在做固体表面吸附模拟时,将固体部分冻结后进行NVT模拟,结果看起来固体整体的位置发生了变化,这是为什么呢?感谢解答

202305311732271313..png (228.37 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)

模拟后

模拟后

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nvt.mdp

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-6-2 08:24:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-6-2 01:17
看不明白你说的是什么情况
如果只是gro里记录的结构有这个问题,轨迹里的帧没问题,就甭管gro里怎么显示 ...

明白了,轨迹里就是正常显示的,谢谢sob老师了

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发表于 Post on 2023-6-2 01:17:04 | 只看该作者 Only view this author
PHOENIXHMX 发表于 2023-6-1 16:18
sob老师好,我看了一下轨迹,发现在模拟过程中恢复到了最初的位置,所以这是什么原因导致的呢?对计算结 ...

看不明白你说的是什么情况
如果只是gro里记录的结构有这个问题,轨迹里的帧没问题,就甭管gro里怎么显示的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-6-1 16:18:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-6-1 04:40
看起来只是周期性记录方式问题,两部分相差正好一个周期。通过观察轨迹弄清楚是怎么回事,把盒子显示出来

sob老师好,我看了一下轨迹,发现在模拟过程中恢复到了最初的位置,所以这是什么原因导致的呢?对计算结果有影响吗?感谢老师的回复

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发表于 Post on 2023-6-1 04:40:09 | 只看该作者 Only view this author
看起来只是周期性记录方式问题,两部分相差正好一个周期。通过观察轨迹弄清楚是怎么回事,把盒子显示出来
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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