求助：晶胞的原子在模拟过程中有几个原子跑散了

wuxiaofei · 发表于 Post on 2023-6-7 20:48:12

两边是黏土，中间是溶液，为什么晶胞有些原子会自己跑到中间，我用一颗黏土和溶液的时候没有出现这种现象，两颗黏土反而出现晶胞有的原子散了跑向溶液

wuxiaofei · 发表于 Post on 2023-6-9 18:06:12

sobereva 发表于 2023-6-9 06:19
肯定没设对

好的老师，我查了一下文献，发现他们没有把金属与 O H的键角考虑进去，我删除这部分参数就可以了

wuxiaofei · 发表于 Post on 2023-6-9 18:04:51

萌新杨同学发表于 2023-6-9 09:35
感觉很可能是你的拓扑文件有问题，看看每种原子的类型有没有搞错

谢谢，现在我把金属与O H之间的键角参数删除就可以了

萌新杨同学 · 发表于 Post on 2023-6-9 09:35:02

wuxiaofei 发表于 2023-6-8 15:29
那有什么解决办法吗，我也做了位置限制还是有OH跑出去，还是不用管也没什么影响

感觉很可能是你的拓扑文件有问题，看看每种原子的类型有没有搞错

sobereva · 发表于 Post on 2023-6-9 06:19:46

wuxiaofei 发表于 2023-6-8 15:30
老师，我也做了位置限制，还是跑

肯定没设对

wuxiaofei · 发表于 Post on 2023-6-8 15:30:13

sobereva 发表于 2023-6-8 13:39
干脆把slab加位置限制固定住就完了，省得排查拓扑文件

老师，我也做了位置限制，还是跑

wuxiaofei · 发表于 Post on 2023-6-8 15:29:52

萌新杨同学发表于 2023-6-8 14:47
可能是周期性边界导致你两个粘土片层间的距离太小，部分离子由于不合理的初始位置就排斥飞走了，毕竟clayff ...

那有什么解决办法吗，我也做了位置限制还是有OH跑出去，还是不用管也没什么影响

萌新杨同学 · 发表于 Post on 2023-6-8 14:47:53

可能是周期性边界导致你两个粘土片层间的距离太小，部分离子由于不合理的初始位置就排斥飞走了，毕竟clayff不考虑Bond

sobereva · 发表于 Post on 2023-6-8 13:39:19

wuxiaofei 发表于 2023-6-8 11:24
老师，这是我的初始构型以及部分itp、mdp文件

干脆把slab加位置限制固定住就完了，省得排查拓扑文件

wuxiaofei · 发表于 Post on 2023-6-8 11:24:02

sobereva 发表于 2023-6-8 07:22
应当把盒子显示出来，否则别人都不知道你模拟用的模型到底是什么样
如果模型没问题就是参数有问题。单个sl ...

老师，这是我的初始构型以及部分itp、mdp文件

sobereva · 发表于 Post on 2023-6-8 07:22:34

应当把盒子显示出来，否则别人都不知道你模拟用的模型到底是什么样
如果模型没问题就是参数有问题。单个slab模拟时没跑出去可能只是巧合
想绝对避免跑出去可以用谐振势描述slab里的键

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