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[GROMACS] npt过程出现Some interactions seem to be assigned multiple times报错

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楼主
  各位老师好,本人想用gmx来模拟PVDF/BTO基底对离子通道的影响,建立的模型如图所示(删去了水分子,水分子是完全充满整个盒子的),经过em后进行npt时出现报错Some interactions seem to be assigned multiple times。

  离子通道采用amber14sb力场,由pdb2gmx生成;PVDF和BTO都是用sobtop生成,原子电荷用resp电荷;水模型为tip3p。出现报错后已经根据sob老师的博文sobtop\FAQ8里的内容先自行查找原因。目前测试结果为:离子通道和PVDF/BTO分别在水环境下都能正常跑完em/npt/md。尝试修改mdp文件的设置(比如改变控压方式、去掉限制、降低温度)等都无法解决问题。


  麻烦各位老师看看究竟是哪里出了问题,谢谢各位老师。(所涉及到的文件如下)
拓扑文件.rar (3.62 MB, 下载次数 Times of downloads: 2)

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发表于 Post on 2023-7-11 11:47:10 | 只看该作者 Only view this author
confidence 发表于 2023-7-11 10:53
我最近还没时间完全弄清楚原因,但是经过我的测试这个问题跟版本可能并没有太大的关联,可能还是拓扑文件 ...

Fatal error:
There is no domain decomposition for 48 ranks that is compatible with the
given box and a minimum cell size of 7.56341 nm
Change the number of ranks or mdrun option -rdd or -dds
Look in the log file for details on the domain decomposition本来是这个错误,所以加-rdd后报Some interactions seem to be assigned multiple times错误。改成:gmx mdrun -deffnm nvt -ntmpi 1运行通过

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-11 10:53:09 | 只看该作者 Only view this author
xiejuan 发表于 2023-7-11 10:28
请问Some interactions seem to be assigned multiple times这个问题解决了吗?我是nvt时候遇到了同样的 ...

我最近还没时间完全弄清楚原因,但是经过我的测试这个问题跟版本可能并没有太大的关联,可能还是拓扑文件或者结构本身存在问题,我建议你先按照下面sob老师的博文排查下。

http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

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发表于 Post on 2023-7-11 10:28:33 | 只看该作者 Only view this author
confidence 发表于 2023-7-1 18:05
sob老师,我这阵子用了不同版本的gmx去尝试,还是出现相同的报错,所以我认为可能无法运行跟我的版本没太 ...

请问Some interactions seem to be assigned multiple times这个问题解决了吗?我是nvt时候遇到了同样的问题,谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-1 18:05:06 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 confidence 于 2023-7-4 21:55 编辑
sobereva 发表于 2023-6-9 06:21
先把任何可能碍事的因素排除掉
本来单机用MPI版就是自取其辱的事,编译更麻烦运行速度还更慢

sob老师,我这阵子用了不同版本的gmx去尝试,还是出现相同的报错,所以我认为可能无法运行跟我的版本没太大关系。再次认真检查和测试后,我觉得主要原因是出在了PVDF的拓扑文件上(因为离子通道与BTO是可以运行的,再加上PVDF时就报错),可以麻烦老师看看我这个是否哪里有问题吗,实在不知道怎么才能让我这个模拟运行起来了。感谢老师

麻烦老师有空的时候看看呢,按照学生的认知不明白究竟是怎么进行下去了。

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发表于 Post on 2023-6-12 21:40:39 | 只看该作者 Only view this author
你好,我也是使用npt模拟,只不过我是跑退火模拟,出现了同样的问题,您是怎么解决的呢?

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发表于 Post on 2023-6-9 06:21:07 | 只看该作者 Only view this author
confidence 发表于 2023-6-8 16:43
好的sob老师,我换一下其他版本的试试看可以不。

但是老师我以前也是用同样的版本,跑其他模拟没问题 ...

先把任何可能碍事的因素排除掉
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-6-8 16:43:31 | 只看该作者 Only view this author

好的sob老师,我换一下其他版本的试试看可以不。

但是老师我以前也是用同样的版本,跑其他模拟没问题,为什么这时候就可能是版本的问题呢?

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发表于 Post on 2023-6-8 14:28:46 | 只看该作者 Only view this author
甭用MPI版
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-6-8 14:05:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-6-8 13:37
我没看到含有Some interactions seem to be assigned multiple times报错的输出文件

另外那个报错就是 ...

   output.3309798 (8.26 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)
sob老师标题中报错的output文件是在这里呢,我尝试了修改不同的参数,得到了不同的报错信息。

按照您的这个博客中解决方法,我基本都试过了,就是仍然解决不了才发到论坛上。麻烦老师您有空的时候能否帮我看看究竟是哪里出问题呢,十分感谢老师。


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发表于 Post on 2023-6-8 13:37:36 | 只看该作者 Only view this author
confidence 发表于 2023-6-8 10:35
非常感谢sob老师的耐心回答,按照您的说法我去检查了是否有atomtype等的重复,还是找不到哪里出错。

...

我没看到含有Some interactions seem to be assigned multiple times报错的输出文件

另外那个报错就是老生常谈的问题http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-6-8 10:35:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-6-8 07:09
没提供完整信息,诸如./amber14sb_parmbsc1.ff/forcefield.itp以及引入的拓扑文件具体什么样,肯定是你自己 ...

  非常感谢sob老师的耐心回答,按照您的说法我去检查了是否有atomtype等的重复,还是找不到哪里出错。

  报错的话除了Some interactions seem to be assigned multiple times,有时还会出现下面文件中的output所示错误。


  我将老师您说的./amber14sb_parmbsc1.ff/forcefield.itp中的具体文件上传,我所作出的修改只是在ffnonbonded.itp中增加了由sobtop根据gaff/uff力场生成的PVDF/BTO的atomtypes而已呢。麻烦老师您再帮忙看看是否哪里还有误,感谢老师

output.3321938 (4.23 KB, 下载次数 Times of downloads: 1) ffnonbonded.itp (6.66 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

ffbonded.itp

69.75 KB, 下载次数 Times of downloads: 3

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发表于 Post on 2023-6-8 07:09:19 | 只看该作者 Only view this author
没提供完整信息,诸如./amber14sb_parmbsc1.ff/forcefield.itp以及引入的拓扑文件具体什么样,肯定是你自己改过的

./amber14sb_parmbsc1.ff/forcefield.itp

有的错误显而易见,诸如下面的地方应当在#include "./amber14sb_parmbsc1.ff/tip3p.itp"后面出现
#ifdef POSRES_WATER
; Position restraint for each water oxygen
[ position_restraints ]
;  i funct       fcx        fcy        fcz
   1    1       1000       1000       1000
#endif

应当提供含有报错的上下文的完整截图或输出文件

这种提示按理说是拓扑文件里有的地方有重复定义的项,反复仔细检查和对比肯定能搞清楚
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