求助MD模拟报错，报错的.pdb文件打开之后只显示部分原子，像是被截断了一样

HYUAN · 发表于 Post on 2023-6-8 08:43:26

老师您好，我在做MD模拟的时候，发现体系在跑了7.8ns之后开始输出了一系列报错文件，报错文件打开之后只显示了部分原子，像是被两边截去了一部分一样，如图所示，这个体系一开始加入各个分子是可以正常跑的，但后来因为研究需要，我就手动改了部分分子在体系中的位置，然后进行em,nvt,npt，直到MD模拟的时候有了报错，这种报错是否是因为我一开始改动了空间中某些分子的位置所导致的呢？希望老师可以抽空可以看一下这个问题。

由于报错文件大小限制，这里并未放入附件，下面是md.log文件

md.log (160.19 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

HYUAN · 发表于 Post on 2023-6-8 13:49:41

sobereva 发表于 2023-6-8 13:27
如果是产生出一大堆备份的pdb文件，就是MD崩了
排除方法http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8里都说了

好的，谢谢sob老师，我去仔细看看

sobereva · 发表于 Post on 2023-6-8 13:27:24

如果是产生出一大堆备份的pdb文件，就是MD崩了
排除方法http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8里都说了

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[GROMACS] 求助MD模拟报错，报错的.pdb文件打开之后只显示部分原子，像是被截断了一样

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