求助，lammps跑有机多孔材料吸附出现bond missing

Weldingspock · 发表于 Post on 2023-6-13 16:48:02

在模拟nvt系综下有机多孔框架气体吸附时，在nvt系综下minimize了1ns之后有机多孔框架的能量趋于稳定，之后加入气体分子273K跑GCMC的时候，运行总是出现atom bond missing。我又试了试不加气体分子273K跑nvt却没有出现这种情况，请大佬们指点一下

superbaba · 发表于 Post on 2023-6-14 18:36:28

仔细看output里的warning: time integerated more than once，猜测你对气体进行时间积分的时候 group选择里把固体也带上了

slxc920113 · 发表于 Post on 2023-6-13 17:42:14

框架没问题的话，检查一下分子的拓扑文件，或则检查一下加入分子之后的模型是否合理。

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[Lammps] 求助，lammps跑有机多孔材料吸附出现bond missing