有关LiBH4(010)表面跑AIMD结构突然散掉的问题

gehan · 发表于 Post on 2023-6-17 11:39:12

各位老师好，我在跑LiBH4(010)表面的AIMD时出现了两个问题，由于为了保证盒子足够大，所以将原来的体系扩胞，而使得体系有576个原子，所以使用的方法是GFN1-xTB,但是在4400步左右就出现scf不能收敛的警告，见下图1。问题1、然后将xyz轨迹文件下载下来到VMD中观看可以看出结构完全跑散了，不知道是为什么，还希望各位指教一下。问题2、此外就是我的体系设置的周期性是XY方向，但是我在观察VMD动画时，在AIMD刚开始的时候发现在盒子顶端也会出现一层原子见图3，应该是周期性导致的吧，但是我并没有设置Z方向的周期性，出现这样的情况应该怎么解释？怎么处理？

sobereva · 发表于 Post on 2023-6-29 00:01:23

gehan 发表于 2023-6-28 13:40
老师您好，我后来检查了输入文件的坐标没有负值，并且更改了计算方法，使用了PBE纯泛函并且设置xyz三个方 ...

本来就是周期边界条件所致，没什么异常的
如果你不希望在观看时顶端出现一部分，初始结构可以往Z正方向稍微挪一点，或者直接挪到盒子中央

gehan · 发表于 Post on 2023-6-28 13:40:34

sobereva 发表于 2023-6-17 15:39
检查输入文件里那些原子Z坐标是否为负。

用DFT跑。别高估GFN1-xTB的鲁棒性

老师您好，我后来检查了输入文件的坐标没有负值，并且更改了计算方法，使用了PBE纯泛函并且设置xyz三个方向周期，设置PSOLVER periodic后，仍然使用的是OT算法，并未出现SCF不收敛的情况，正常跑完了AIMD设置的10000步。但是拿着轨迹文件放到vmd中观察，还是会有一层原子出现在真空图的顶层。1、请问这样的情况很难解释和理解，是属于不合理的情况，有没有什么办法出现更合理的情况。还是说本来的初始结构选择的就有问题呢2、请问能否强制固定最底层两三层原子，不让它移动，这种限制会不会认为因素太强而不合理？我所研究的体系是LiBH4.

sobereva · 发表于 Post on 2023-6-17 15:39:08

检查输入文件里那些原子Z坐标是否为负。

用DFT跑。别高估GFN1-xTB的鲁棒性

另外，如果模拟过程中原理上slab会发生一定程度解离、原子会逸出到真空层的话，应当用PSOLVER periodic，否则就违背了MT要求的盒子边长有相应方向上电子分布跨距>=2倍的要求

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