课题组MD服务器咨询

观火lsy · 发表于 Post on 2023-6-19 22:54:30

我们课题组主要使用Gromacs和Amber做生物大分子体系的MD，也会做一点深度学习相关，平时大概2-3人使用。之前一直是使用商业超算的A100，最近老板想要自己配置服务器，预算10W以内，请问是按照sob老师推荐的极高性能分子动力学服务器推荐配置装3台还是装一台3-4块4090的服务器呢，考虑后者的主要原因是担心之后课题组扩张了可以直接加卡数，而分别装主机不太方便。

AIchaosuan666 · 发表于 Post on 2023-6-25 13:51:43

yzh 发表于 2023-6-25 13:30
硬件网址发一下

厂商

yzh · 发表于 Post on 2023-6-25 13:30:37

AIchaosuan666 发表于 2023-6-21 14:20
可提供硬件

硬件网址发一下

AIchaosuan666 · 发表于 Post on 2023-6-21 14:20:06

可提供硬件

观火lsy · 发表于 Post on 2023-6-21 02:45:19

Entropy.S.I 发表于 2023-6-20 18:56
关于单核性能的观点是我在去年10月首次系统性证明的：http://bbs.keinsci.com/thread-33296-1-1.html
这 ...

老师抱歉，之前没仔细阅读您的文章就发帖询问，刚才详细阅读了您的MD benchmark测试，问题已得到解决

Entropy.S.I · 发表于 Post on 2023-6-20 18:56:39

观火lsy 发表于 2023-6-20 15:42
好的谢谢您，我还想请教一下您给出的这两种方案在计算速度上区别大吗，我看sob老师的帖子说MD主要看主频 ...

关于单核性能的观点是我在去年10月首次系统性证明的：http://bbs.keinsci.com/thread-33296-1-1.html
这篇文章无论如何都应当逐句仔细阅读。

两种方案单任务性能在此文中有详细数据：http://bbs.keinsci.com/thread-35986-1-1.html

前面回复中给出的文章http://bbs.keinsci.com/thread-35988-1-1.html 更是提供了非常直观的雷达图。我不知道你到底有没有认真看。

观火lsy · 发表于 Post on 2023-6-20 15:42:05

Entropy.S.I 发表于 2023-6-19 23:42
Xeon w7-2495X + 4*RTX4090，整机10万以内。不能加GPU卡数，4块是w-2400系列支持的最大值。
也可以装4台13 ...

好的谢谢您，我还想请教一下您给出的这两种方案在计算速度上区别大吗，我看sob老师的帖子说MD主要看主频而不是看核心数量是吧，那是不是说方案二单任务的计算速度会更快呢

Entropy.S.I · 发表于 Post on 2023-6-19 23:42:13

Xeon w7-2495X + 4*RTX4090，整机10万以内。不能加GPU卡数，4块是w-2400系列支持的最大值。
也可以装4台13900KF + RTX4090，不到9万元，剩下的钱再配个4*18TB的NAS作为长期数据的存储。
http://bbs.keinsci.com/thread-35988-1-1.html

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