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[GROMACS] 请问生成LDH的Clayff力场的拓扑,应该用什么软件呢

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楼主
请问想要生成CoAl-LDH(layered double hydroxides)的ClayFF力场的拓扑文件,应该用什么软件生成呢,或者说有什么可以替代的力场吗。晶胞pdb文已上传。

CoAl6.pdb

7.38 KB, 下载次数 Times of downloads: 7

CoAl-LDH

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发表于 Post on 2023-11-13 15:08:31 | 只看该作者 Only view this author
slxc920113 发表于 2023-6-22 14:38
ClayFF力场中没有你要的元素,只能用UFF力场将就一下吧。
你试试AuToFF,在https://cloud.hzwtech.com/web ...

感谢指点!

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发表于 Post on 2023-6-22 14:38:52 | 只看该作者 Only view this author
ClayFF力场中没有你要的元素,只能用UFF力场将就一下吧。
你试试AuToFF,在https://cloud.hzwtech.com/web/personal-space/auto-ff/mof-cof 上传cif结构,然后选择UFF力场和Qeq电荷

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发表于 Post on 2023-6-21 21:29:41 | 只看该作者 Only view this author
不要自己在标题里手写[求助]这种标签,http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给你改了,以后注意

http://sobereva.com/soft/Sobtop创建拓扑文件,自己自定义assign_AT.dat,并且把clayFF的力场参数加到sobtop的力场库文件里
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