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[Material Studio] 如何利用MS复现分级多孔结构吸附

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各位老师您好,我有一个问题不知道如何解决,过程如下:
首先利用MS建立石墨烯多层模型,利用packmoL将吸附的分子填充在两侧,在利用MS打开建立的模型,
通过forcite模块进行分子动力学模拟,但是得到的结果却是吸附的分子四处乱跑,不按照规定的石墨烯孔道进行吸附,参考的论文也不一样
问题如下:如何利用MS计算,让填充的分子只在石墨烯分层结构进行吸附。而不是四处乱跑,以至得不到不同孔径的吸附情况。参考图以及自建吸附图如下:,

202306242109115663..png (634.8 KB, 下载次数 Times of downloads: 20)

202306242109115663..png

202306242102318418..png (283.62 KB, 下载次数 Times of downloads: 19)

202306242102318418..png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-6-25 09:26:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-6-25 04:07
先弄清楚盒子在哪、边界在哪,搞清楚周期边界条件是怎么回事

谢谢老师,我先把您提到的内容好好研究一下,万分感谢老师的解答。

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发表于 Post on 2023-6-25 04:07:42 | 只看该作者 Only view this author
先弄清楚盒子在哪、边界在哪,搞清楚周期边界条件是怎么回事
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