如何在一个模型中建立两个不同浓度的盒子

蒋杭廷 · 发表于 Post on 2023-6-25 14:43:51

想要做带有浓度梯度的体系，譬如一侧是1M的溶液另一侧是0.5M。之前在群里问过社长，方法是在一个模型中建立两个盒子，明白了大概意思，但是还是不知道该怎么下手，所以想请教一下。

zyp1999 · 发表于 Post on 2023-8-3 19:35:34

蒋杭廷发表于 2023-6-26 14:13
已经成功做了两个浓度不同的离子溶液盒子，然后和真空的黏土模型组装，然后能量最小化的时候离子直接全部聚 ...

想问一下楼主，问题解决了吗？

蒋杭廷 · 发表于 Post on 2023-6-26 14:13:11

已经成功做了两个浓度不同的离子溶液盒子，然后和真空的黏土模型组装，然后能量最小化的时候离子直接全部聚集到下面去了，而且输出能量为0.然后又在中间的黏土盒子里添加了水，这次就直接报错了，请问该怎么解决呢。

sobereva · 发表于 Post on 2023-6-26 04:32:31

用solvate结合genion建立两个不同浓度的盒子的gro文件，保证XY方向尺寸相同。然后用VMD的移动命令，把其中一个盒子里的原子往Z正方向挪另一个盒子的Z边长的距离。然后手动把两个盒子的gro文件合并就完了。

pal · 发表于 Post on 2023-6-25 19:05:02

蒋杭廷发表于 2023-6-25 16:41
感谢您的回答，第一步分别建立两个盒子可以说的再详细一点吗，还是有点不明白。

比如说建两个一样的盒子，都是10*10*10，一个盒子里放10个分子，另一个放5个，拼在一起

lyj714 · 发表于 Post on 2023-6-25 16:46:15

本帖最后由 lyj714 于 2023-6-25 16:47 编辑

packmol yyds

分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 9&highlight=packmol

蒋杭廷 · 发表于 Post on 2023-6-25 16:41:06

pal 发表于 2023-6-25 15:48
分别建两个盒子，两个盒子某个面在长宽上是一样的，比如说x,y一致，一个盒子是1M，另一个是0.5M，最后就只 ...

感谢您的回答，第一步分别建立两个盒子可以说的再详细一点吗，还是有点不明白。

pal · 发表于 Post on 2023-6-25 15:48:30

分别建两个盒子，两个盒子某个面在长宽上是一样的，比如说x,y一致，一个盒子是1M，另一个是0.5M，最后就只要把两个盒子合成一个，合成一个可以先建一个等同于两个盒子合在一起的大盒子，然后editconf分别把两个小盒子放在大盒子指定的位置上；或者也可以对某个盒子里的所有原子坐标都朝某个方向（垂直于前面提到的长宽一样的某个面）加一个值(这个值就是这个盒子外另一个盒子在这个方向上的长度)，然后把坐标全放在一起

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