求助密度模拟误差大，有警告

qjy111

请问一下，我利用算频率后的文件转化为.mol2文件，采用sobtop的第二种方法产生了.top文件和.itp文件，然后采用RESP(0.5)计算阴阳离子的电荷，然后采用gromacs自带的SPCE的立场文件整合到top文件中。packmol对阴阳离子+水建立盒子生成pdb文件，采用sobtop第二种方法对盒子生成.gro文件。进行密度模拟，然后发现存在两个问题

1.出现警告，盒子产生的.gro文件对原子是编号的，即使将盒子的pdb文件转换为.mol2文件生成.gro文件，这会全部编号，对应不上，有什么办法使.top文件和.gro文件对应上嘛，虽然也可以忽略警告


2.利用gromacs模拟密度后达到平衡，但是误差较大，主要是加水后的误差大，一般加水后，密度减小但是模拟出来结果反而增大，我感觉是前面哪个步骤不对。采用RESP(0.5)的误差是8%，后面我采用RESP(0.2)，并缩放0.8的电荷，误差仍有5%。
求教

sobereva

qjy111 发表于 2023-6-29 12:21
好的好的，老师，我下次注意。我模拟的是离子液体水溶液的密度，因为采用相同的力场信息，所以模拟纯IL以 ...

不应当用sobtop处理含一堆分子的盒子的.pdb文件，sobtop处理的对象是单个分子

如果你是指靠sobtop来把pdb转成gro，根本没这个必要，grompp本来就能用pdb而不非得要求gro

水应当直接用现成的水模型，诸如SPC/E、OPC3，而不应当自己去搞它的拓扑文件


另外我不知道你用sobtop处理的是阴阳离子，还是对阴离子和阳离子分别处理的。必须分别处理，而且二者需分别优化，而且需要确保得到的是比较延展的构象。

qjy111

sobereva 发表于 2023-6-28 00:35
不要用“sobtop的第二种方法”这种描述，根本不存在什么官方的第x种方法一说

提问时先交代自己算的是什 ...

好的好的，老师，我下次注意。我模拟的是离子液体水溶液的密度，因为采用相同的力场信息，所以模拟纯IL以及加水的都是采用RESP(0.5)计算出的电荷。在采用RESP(0.5)计算电荷中，我先是在# opt freq b3lyp/6-311++g(d) geom=connectivity下进行阴阳离子的几何优优化+振动分析并保留.fch，基于.fch文件保存为.gif文件。然后基于# B3LYP/TZVP em=GD3BJ opt→# B3LYP/def2TZVP em=GD3BJ geom=allcheck→# B3LYP/def2TZVP em=GD3BJ scrf=solvent=water geom=allcheck，进行计算然后取平均值（溶剂为水）。而拓扑文件是基于上述的.fch文件保存为.mol文件,采用sobtop例2的方法产生的拓扑文件。还有一个疑问是packmol产生的盒子.pdb文件，再用sobtop例2的方法产生的.gro文件，并没有进行取名称并进行分组编序，我试了gromac自带命令将.pdb文件转为.gro文件，可是依然没有名称，请问一下有什么解决办法嘛

sobereva

不要用“sobtop的第二种方法”这种描述，根本不存在什么官方的第x种方法一说

提问时先交代自己算的是什么东西

纯物质密度算合理了再说加水的事

拓扑文件里原子顺序和结构文件对应就完了，不用管原子名

所有对结果可能产生影响的要素都交代清楚，诸如RESP(0.5)在不同级别、不同溶剂下计算结果明显不一样


认真看此文
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

qjy111

pal 发表于 2023-6-27 10:58
第一个警告应该就是gro第二列的原子后面没有数字，跟itp里面的原子对应不起来

是这个原因，但是看之前的论坛说只要你可以保证是对应上的，就可以忽略警告，然后我就忽略了，但是模拟出来的结果却误差大，所以我感觉还是有点问题。

pal

qjy111 发表于 2023-6-27 10:38
packmol生成mix.pdb文件，然后将mix.pdb文件用sobtop生成.gro文件

第一个警告应该就是gro第二列的原子后面没有数字，跟itp里面的原子对应不起来

qjy111

pal 发表于 2023-6-27 10:29
这个gro是怎么产生的，第一列全是1MOL，top文件肯定对应不起来

packmol生成mix.pdb文件，然后将mix.pdb文件用sobtop生成.gro文件

pal

这个gro是怎么产生的，第一列全是1MOL，top文件肯定对应不起来