公社群聊Q&A整理：2016.07.12 19 ~ 2016.07.20 20 Concate

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2016-7-31 13:37:59

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2016.07.12 18:10:33
Q:
HF exchange percentage (HF%) 这个是怎么算的
A:
不同DFT泛函的HF成份一览
http://sobereva.com/282
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2016.07.12 18:25:00
Q:
各位老师们，我想请问：
在一个多步反应路径中，其中有一步的吉布斯能变大于零，整体的吉布斯能变远远小于零，这条路径还能发生么？
还有一个路径有两步且每一步的吉布斯能变都小于零，整体也小于零但比三步的那个能变大，可以得出三步路径比两步路径更容易发生么？
各位老师们，我想请问：
在一个多步反应路径中，其中有一步的吉布斯能变大于零，整体的吉布斯能变远远小于零，这条路径还能发生么？
还有一个路径有两步且每一步的吉布斯能变都小于零，整体也小于零但比三步的那个能变大，可以得出三步路径比两步路径更容易发生么？
A:
1 能发生
2 意义不明
Q:
“2 意义不明” 意思是不能去直接比较这两个路径么？
A:
完全没道理三步的更容易发生
Q:
哦
老师，“1 能发生” 文献报道都是说不发生，您支持发生是从哪方面考虑的呢？直接因为总吉布斯能小于零么？
A:
凭什么不能发生，根本没有依据
除非势垒特别高
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2016.07.12 19:03:01
Q:
哪位老师或同学可以给我一些关于自旋密度的定义，分析之类的资料吗？？
哪位老师或同学可以给我一些关于自旋密度的定义，分析之类的资料吗？？
A:
这里面有定义和例子
幻灯片：Multiwfn与波函数分析简介
http://sobereva.com/239
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2016.07.12 21:44:34
Q:
Sob老师，您好！我在使用您编译的dushin-linux计算分子重组能的时候出现了如下报错，[图片]，请问这可能是什么原因造成的？@Sobereva
A:
不好说
Q:
会跟基组有关系吗？@Sobereva
A:
不像
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2016.07.12 22:04:07
Q:
请教各位前辈，混合基组在gamess中怎么写？有没有相关资料可以推荐一下？
A:
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=745
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2016.07.12 22:13:07
Q:
[图片]大家好，请问在高斯软件中，怎样设置键变成黑色呢？[表情][表情]
A:
file-preference[图片]
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2016.07.12 22:23:04
Q:
[图片]
循环很久了，不出结果，怎么办？
[图片]
[图片]
那为什么循环不出来
A:
明显是SCF收敛困难
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
Q:
泛函不适合？
A:
此文一定要看
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331
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2016.07.12 23:10:46
Q:
[图片]计算E（adia）就是激发态几何优化的HF减去基态的几何优化HF
[图片]计算E（adia）就是激发态几何优化的HF减去基态的几何优化HF？请教一下
A:
不对。激发态几何优化给出的HF=后面的能量是参考态（基态能量）。应当用E(TD-HF/TD-KS) 后面的，这才是激发态能量
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2016.07.12 23:24:30
Q:
老师：您好！请问这种DOS图，[图片]，感觉是分解成了轨道贡献，请问这种图怎么做呢？谢谢！我参照了您手册中的DOS做法，没找到，请您指点指点谢谢···[表情]
A:
Multiwfn做DOS时候自定义片段，让片段对应要考察的轨道，仔细看手册4.10节例子
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2016.07.12 23:43:21
Q:
[图片]
黄色的是硫原子，数值是MULLIKEN电荷，当H远离S原子时，它应该是以质子形式的远离的。但把H逐渐远离S原子，算MULLIKEN电荷时，H总是是原子形式，不怎么带电荷。距离越远，越是中性。
这是怎么回事？
[图片]
黄色的是硫原子，数值是MULLIKEN电荷，当H远离S原子时，它应该是以质子形式远离的。但把H逐渐远离S原子，算MULLIKEN电荷时，H总是是原子形式，不怎么带电荷。距离越远，越是中性。
这是怎么回事？
[图片]
黄色的是硫原子,灰色的是碳原子，白色的是H,，数值是MULLIKEN电荷，当H从S上解离时，应该是质子形式。取S-H不同的距离，计算单点，却发现：H逐渐远离S原子时，H总是是原子形式，不怎么带电荷。距离越远，越是中性。
这是怎么回事？
怎么计算模拟H以质子形式从S上解离这个过程？
A:
首先确保没用弥散函数
如果没用弥散函数，当前解离相当于S-H均裂，可以考察拉得更远的情况，如果实际上就是C2H5S-和H+这种状态能量最低，也会自然而然收敛到那种态
基态是A- B+还是A· ·B距离有关，在某个距离左右可能发生这两种透热态的交叉
基态是A- B+还是A· ·B跟AB距离有关，在某个距离左右可能发生这两种透热态的交叉
Q:
改变体系的自旋多重态可以模拟这种异裂吗？
以氢负离子形式离去，以氢质子形式离去。分别如何模拟（量化水平）？
A:
和自旋多重度没关系。
有的距离范围基态可能是均裂，有的距离范围基态可能是异裂。
假设某个距离下，基态不是异裂而是均裂，但你又非得算异裂，就只能用CDFT
[图片]
Q:
高斯还不能算CDFT？
A:
只有nwchem和q-chem支持
谈谈约束性DFT (CDFT)
http://sobereva.com/271
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2016.07.13 00:14:38
Q:
各位下午好，想请教各位大神个问题：Jarzynski’s equality 这个名词如何理解呢？
A:
Jarzynski equality：从平衡态A到某态B的自由能变ΔG=G_B-G_A<=W，其中W是外力做功，只有过程是平衡过程等号才成立。Jarzynski equality将不等式化为等式，exp(-ΔG/(kT))=<exp(-W/(kT))>，T代表在A时的温度，<>代表是以各种方式干这个活儿的平均值。如果过程快，非平衡特征强，就得需要做很多次取平均才精确。如果过程慢，接近平衡态，只需要很少次数即可。比如通过SMD将受体-配体拉开，如果拉得十分慢，得到的"做功-拉伸距离"曲线就是"结合自由能-拉伸距离"曲线，如果拉得快，就要拉好多次把结果取平均。
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2016.07.13 00:18:33
Q:
请问下在做弱相互作用时，由于之前用的B3LYP/6-31G**，现想加入D3矫正，只算个单点可以吗？还是需要做下重新优化。
A:
色散作用主导时，优化时候就得考虑
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2016.07.13 00:29:31
Q:
请问gauss view画出来的静电势图如何导出成tif格式呢？
A:
保存图片时候直接就能选tif啊
[图片]
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2016.07.13 01:02:21
Q:
请教老师，分析AdNDP时，这个错误要怎么解决[图片]谢谢
A:
我只回答Multiwfn做adndp的问题。其它程序谁开发的问谁
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2016.07.13 01:20:39
Q:
请问Marcus 理论算的是分子内还是分子间的电子转移
A:
一般用来讨论分子间的
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2016.07.13 03:24:52
Q:
我记得S老师写过一个关于高斯操作的贴子，比如，一行里面写多个g09 命令。这个贴子名字是什么呀？
A:
使用Gaussian时的几个实用脚本和命令
http://sobereva.com/258
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2016.07.13 03:38:36
Q:
想计算ADCH电荷,wfn和fch文件是不是都可以用作输入文件？还是必须是fch文件？ADCH电荷是否可用于求算激发态分子的原子电荷？谢谢老师！
A:
都行
可
激发态时候最好用.wfn文件，否则用fch还得额外多做一步
Q:
老师，计算电荷的方法用HF/6-31G*还是B3LYP/6-31G*？是不是用HF更好些？麻烦老师了，总是打扰您。
A:
若无特殊情况用B3LYP
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2016.07.13 04:14:56
Q:
我突然发现内存对高斯计算速度也有很大作用的影响
192G的比64G的就是算得快
内存设置均约为总内存 90%
A:
肯定的
Q:
嗯，就是说内存如果不是完全充足，高斯会降低速度来满足内存设置
A:
程序实现同一个目的往往有多种算法，有耗内存高但是速度快的，也有耗内存低但速度慢的，程序会根据分配的内存量来确定最优的选择。
Q:
[表情]
MS有这个选项，我一直以为高斯是占硬盘
A:
还比如，内存大的情况一个事情可能分三批算完，内存小的情况需要分7批算完，前者耗时明显低
Q:
没想到也是占内存
A:
可不
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2016.07.13 04:14:56
Q:
老师，它已经停了，没有继续算
A:
重算一遍，还不行就换个版本，或者换关键词
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2016.07.13 06:43:19
Q:
各位老师：通过NBO看轨道间转移的电荷数从哪看呀
[图片]我以前都是通过二阶微扰能看趋势
A:
自行根据公式算
[图片]
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2016.07.13 18:05:38
Q:
sob,老师，什么样的体系适合Anndp分析呢@Sobereva
我觉得你应该问从AdNDP分析能得到什么信息
A:
AdNDP常用在有显著的局部多中心离域的体系
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2016.07.13 18:19:55
Q:
请问一下gromacs中的键能是怎样提取的？
算出来的是coul和lj
没有键能
A:
本来力场就不可能算出键能
Q:
老师，力场里面不是有键参数吗？
A:
力场成键项的能量和键能是完全两码事
Q:
我想算rna二面角的扭转能
也就是不能计算bonded energy？
只能提取coul 和lj吗？
A:
记得是
把键长、二面角变化数据搞出来，自己代进公式一算就有了
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2016.07.13 19:01:22
Q:
老师，我刚才我试了一下，6-31G**可以算铜，但是不能算Mo，我还要算巯基乙酸与Mo的化合物，该怎么选择基组，谢谢
A:
用lanl2TZ，NBO分析还不行就SDD，还不行就def2SVP，还不行就全电子相对论计算（到时候再说）
Q:
用lanl2TZ提示Subroutine NAOANL could not find a S-type valence orbital on atom Cu 11.
IVAL : 1 1 1 0 M : 1 LA : 1
Error@Sobereva
请问，Sob老师说的是不是，Cu用SDD，其他原子还是用6-31G**啊？
A:
现在说的是Mo
Cu不都解决了
Q:
/抱拳
您的意思是对Mo适用的基组对Cu也适用，对吧？@Sobereva
好的，谢啦
A:
你对Cu用SDD没准还碰上那个报错
不是用的赝势基组合理不合理的问题，是NBO 3.1本身就有bug，你得想办法绕过那个bug
全电子基组100%没问题
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2016.07.13 19:07:52
Q:
[图片]CBS-QB3算到这一步就慢的一动不动的，24核也算不动
A:
算不动就甭愣算
降低点档次
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2016.07.13 19:12:03
Q:
sob老师，td 计算triplet的时候，用ub3lyp 还是b3lyp更好些？
A:
基态是闭壳层单重态就不要写U。而且用了U再用triplet关键词毫无效果
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2016.07.13 19:14:10
Q:
请教各位类似这样的图用什么软件做最方便我只想做CPK和线性的组合那部分
[图片]
A:
VMD
Q:
[图片]请问两种显示方式叠合之后要突出某一部分除了删除部分原子还有别的办法么
A:
VDW方式显示的representation的selected atom只选要凸显的原子范围就完了，比如serial 1-30
serial 1 to 30
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2016.07.13 19:14:39
Q:
我要看反应过程的能量以及S和Cu之间电子转移，老师有啥建议吗？不用NBO有其他方法算吗？@Sobereva
A:
能量和NBO本身就没直接关系
电子转移算原子电荷、做密度差图、做CDA什么的方法多了去了
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2016.07.13 19:17:53
Q:
vmd能看高斯的输出吗
A:
不能
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2016.07.13 19:18:21
Q:
[图片]CBS-QB3中CCSD(T)/6-31+G(d') 算20几个原子算不动。用老师上课讲的较好级别的基组比如：CCSD（T）/cc-PVTZ，一般能算到多少个原子？
A:
不用DLPNO之类黑科技顶多也就20个原子到头了
Q:
DLPNO-CCSD(T)只有用ORCA？
A:
恩
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2016.07.13 19:22:01
Q:
老师，有一个问题，这个是我用multiwfn看的等值面，想保存这个图片，但是右击图片，图片就没了，怎么可以保存呢？要截图吗？
A:
菜单上有选项保存图片
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2016.07.13 19:39:20
Q:
[图片]
请问老师这怎么破
A:
opt=cartesian
----------------------------------------------------
2016.07.13 20:57:06
Q:
请教各位，请教6-31g++（d）不收敛但是6-31g++（d，p）可以收敛的原因
A:
数值巧合
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2016.07.13 21:29:06
Q:
群主不知道可有好的工具生成碳120和240这样的工具？
A:
CaGe可以试试
生成富勒烯的螺旋算法简介以及使CaGe中的编号与Fowler-Manolopoulos编号相符的方法
http://sobereva.com/104
----------------------------------------------------
2016.07.13 23:41:04
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
做变分过渡态理论计算需要IRC上一系列点的自由能
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2016.07.13 23:41:10
Q:
获得零点能，然后获得势能面，寻找范德瓦尔斯complex的位置
#p irc=(maxpoints=50,calcfc,maxcycle=100) bhandhlyp/6-311g(d,p) geom=connectivity freq=noraman我这样算的，但是好像没有输出freq
A:
可以用这个得到.xyz轨迹，然后用molclus批量执行
将Gaussian的IRC任务输出转换为.xyz轨迹文件的工具
http://sobereva.com/285
或者借助此文的IRCsplit生成一批.gjf
产生Gaussian09 IRC和SCAN任务每个点的波函数文件的工具
http://sobereva.com/199
----------------------------------------------------
2016.07.13 23:43:54
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
y
初猜给得不好，就不容易收敛
----------------------------------------------------
2016.07.14 00:01:18
Q:
老师您好，multiwfn里计算出的分子电场只是点电荷电场吗？包括偶极场吗？
A:
不一回事。
每个点都有静电势值，公式就是前面我幻灯片里贴出来的，电场就是静电势的梯度
Q:
那对[图片]求梯度，就可以认为是相当于点电荷产生的电场？我加了电场后有了极化，有偶极场，其实这时，multiwfn里再计算出电场也还是没包含偶极场。老师，是这样吗？
A:
图中公式用的是连续的电子密度，而不是把体系当成个点多极矩来考虑，牵扯不到什么偶极场
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2016.07.14 00:04:58
Q:
老师，您好，如果做NTO计算的话是不是就不能进行electron-hole 分析了？
A:
如果你用saveNTO把NTO存到chk里就不能用这个chk做electron-hole分析了
electron-hole分析是基于MO来做的
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2016.07.14 00:52:33
Q:
sob 老师，我用ub3lyp opt 自旋0 3优化得到的t1 和用 td（triplet，root=1) 自旋 0 1得到的能量差别不小啊。
A:
这种设定并没什么意义，收敛完了都一样
Q:
老师，td 优化s1或者t1 最后HF=这个能量就是他本身能量吧。真奇怪，和直接计算得到的有所差别
A:
那是那个结构下基态DFT能量
Q:
这个基态dft能量，t1下应该就是t1的能量吧。
linux 格式，还有空格
A:
TDDFT算T1时基态能量当然不是T1能量
Q:
明白了，谢谢Total Energy, E(TD-HF/TD-KS) 这个才是
这个基态能量只是输入结构的能量
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=3163&extra=page%3D1 计算t1-s1 必须要这样改么？，把IF (DE .lt. TDE) THEN改成IF (.true.) THEN
A:
改它干嘛
本来就能交叉
不想要“能量差必须很小”这个条件才那么改
Q:
请问老师，用DFT方法计算激发态和TDDFT方法计算激发态关键词有什么不同呢？
A:
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
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2016.07.14 01:57:59
Q:
请问我计算一个约50个原子以上的相互作用体系，其中4个氧原子，其他均为碳原子和氢原子。使用4核计算机单机计算，使用高斯计算。需计算20个以上构型，需1到1个半月算完。使用M06-2X方法，使用6-31+G**进行几何构型优化，使用6-311+G**计算单点能。请问各位老师同学这样算可以吗？
A:
具体什么级别最合适还得看体系具体结构，不是光原子数就能决定的
优化可以不用弥散。即便色散作用明显，用6-311G**也比6-31+G**效率更高结果更好
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2016.07.14 04:20:19
Q:
sob老师，multiwfn主功能18里的电子空穴积分对于HOMO--LUMO主导（95.9%）的跃迁是不是基本等于min{HOMO^2,LUMO^2}的积分呢？我用主功能13-11-22，算出来是0.0477，而电子空穴积分是0.11，差别有点大，该如何解决呢？
A:
如果13-11-22你是对hole和electron的格点数据做的，只可能是格点设定不一样所致。
没必要自行用13-11-22去搞
Q:
恩，我只是想确认下我的理解有没有错。13-11-22是对HOMO^2和LUMO^2做的。全都是用的medium格点精度啊，还有什么参数会影响吗？另外，刨去手动操作的时间，感觉18-1的计算速度相比于13-11-22要慢些呢
A:
18-1要考虑各种轨道产生格点数据，所以显然慢
Q:
感觉既然HOMO--LUMO主导（95.9%），那么两种方法算出来结果应该差别不大啊
A:
差那么百分之几也可能会有影响
你还不如直接用18-1产生的electron和hole的cube文件，再用13-11-22去计算min的积分，对比18-1直接输出的
Q:
这个是一样的，我试过了
差百分之几也会有这么大的影响？老师能不能详细解释一下原因呢？非常感谢/西瓜
差百分之几也会有这么大的影响？老师能不能详细解释一下原因呢？非常感谢[表情]
A:
那就是说明考虑所有轨道跃迁的electron-hole和只考虑HOMO->LUMO的差异造成那些结果差异
你可以先从图形上对比electron和LUMO^2、hole和HOMO^2，应该图形上看不出太大差异，但是定量到min的积分数值上会有那些影响
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2016.07.14 05:39:26
Q:
群主可能也不喜欢这个[表情]表情
A:
是的
很莫名奇妙
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2016.07.14 05:47:19
Q:
老师好，研究有质子转移的反应，是不是没必要去刻意指定H为质子？整个体系在同一个电荷数和自旋多重度下计算就行了？
计算结果转移过程中H是质子，那么就是质子转移反应，如果不是，那就不是质子转移。
A:
对
Q:
质子转移是一个古老而又富有活力的课题,质子转移是最从木和最重要也是最有发展前景的生物化学过程之一
[图片]
在转移过程中，H的电荷变化不大，始终在0.47左右。这算是质子转移吗？
A:
勉强算
实际体系中不会有完全质子形态存在的情况，电子终究会有一部分离域上去
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2016.07.14 05:52:40
Q:
话说ORCA怎么这么大
A:
因为用了很多静态库
----------------------------------------------------
2016.07.14 05:52:41
Q:
[图片]
请问老师，为什么做出来的图一半完整，一半有窟窿呢？
A:
用Multiwfn+VMD做RDG分析时的一些要点和常见问题
http://sobereva.com/291
看2.12节
Q:
老师，我把RDG_maxrho设为0，中间小圆片的窟窿没有了，但两边的原子又出现了我不想要的形状，该怎样修改呀？
这是修改前[图片]
修改后[图片]
A:
RDG_maxrho设成合适的值，或者先设成0，算完了之后看散点图，再决定屏蔽掉指定的sign(lambda2)rho的范围。手册4.100.1节Interactively set RDG value where sign(l2)r is in specific range提到了这点
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2016.07.14 06:10:53
Q:
sob老师，我将一个未优化的构象转化成wfn文件，然后用Multiwfn算CHELPG,算完发现分子坐标变了，但以前我把优化后的构象这样操作，坐标是不会变的，请问老师，中间那一步导致构象会发生变化，谢谢
有没有方法让坐标保持不变吗？
A:
是高斯自动把它调整到了标准朝向，看
谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关键词的使用
http://sobereva.com/297
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2016.07.14 16:56:09
Q:
请问各位高人，GsGrid程序和Sigmaploth程序在哪里可以下载到？
A:
gsgrid功能早就融入到Multiwfn主功能13了，不要再考虑gsgrid
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2016.07.14 17:47:39
Q:
请问sob老师，PM6-D3H4算弱相互作用时怎么样在输入文件写@Sobereva
A:
MOPAC里直接写PM6-D3H4就完了
Q:
老师，我用Gaussian算的。
A:
高斯不支持
----------------------------------------------------
2016.07.14 17:51:59
Q:
老师您好，用gaussian计算，在m062x/6-31+g(d)下进行结构优化，然后在m062x/6-311+g(d)进行BSSE校正，这样处理可以吗？这个精度发文章会有问题吗？谢谢老师
A:
没问题
优化最好改用6-311g(d)
若牵扯氢键要对氢加极化
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2016.07.14 18:00:29
Q:
我用multiwfn保存ELF的cube文件，然后用VMD观看的时候，一直在出现invalid command name " "啊，求问老师怎么回事
A:
怎么操作的？
直接拖进VMD main窗口就完了，不要拖进控制台
Q:
我是把文件放到vmd那，然后load visersion state 的
A:
自行在图形界面设定显示方式
你那个visualization state的文件未必适合当前情况
Q:
sob老师，拖进VMD之后，并没有出现ELF等值面图啊，您手册上有关于这方面的操作吗？
A:
自己在display-representation里面设定
[图片]
Q:
你说的是Graphics-representations里面吧？
A:
y
不会操作参考这里面VMD的操作步骤
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269
要么chimera显示，专有个博文
在Chimera中用不同的颜色显示不同的等值面
http://sobereva.com/168
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2016.07.14 18:02:16
Q:
老师，为了得到偶极矩，我用SVPD基组对只含C、H、O共54个原子的化合物做优化时，由于电脑配置低，参考“解决SCF不收敛问题的方法”，加入 scf=（novarace，conver=6）或scf=（nodiis，fermi），运行约36h后都出现了收敛失败。那么想实现收敛用scf=（xqc，conver=6）会好点吗？也请教一下有没有技巧快速得到可靠的偶极矩值？[表情]谢谢
A:
就是在6-31G**基础上把极化函数的指数给改了
你优化时候不用带弥散，算偶极矩再带弥散就行了
我一直强烈反对在优化时候加弥散，除非有特殊情况
Q:
老师，我一般是从优化的输出文件中看偶极矩值，是不是优化两次，先不带弥散优化，再带弥散优化一次？请指正
A:
不带弥散优化，带弥散算单点
Q:
老师，细问一下，为了得到偶极矩值，那么用6-31g（d）优化，再用def2-SVPD算单点能，由单点能的log文件读取偶极矩值，可以吗
A:
def2-SVP优化，def2-SVPD算单点
就是那么读
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2016.07.14 18:08:50
Q:
服务器是不是没有必要配固态硬盘
A:
看算什么。硬盘读写厉害的任务用固态还是速度有提升
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2016.07.14 18:11:25
Q:
5D 0,5D-2中x^i*y^j*z^k*exp（-ar^2）的i,j,k分别是多少？
A:
那是球谐函数的情况，此时没法写成这种笛卡尔GTF的形式，必须得做线性组合
谈谈5d、6d型d壳层基函数与它们在Gaussian中的标识
http://sobereva.com/51
球谐型与笛卡尔型Gauss函数的转换关系
http://sobereva.com/97
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2016.07.14 18:25:36
Q:
各位老师，我想问下氢键和π-π作用一般相互作用能大小有多大的差值，还是不能根据能量差分析这个，要做rdg图看哪
A:
不是作用类型决定的，而是具体体系决定的，后者也可以比前者大得多
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2016.07.14 18:31:28
Q:
请问老师，用过渡态的关键词得到的结构没有虚频是什么原因
请问老师，用过渡态的关键词得到的结构没有虚频是什么原因
A:
过渡态结构不对
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2016.07.14 18:32:28
Q:
老师，我算如下涉及自由基的反应，请问对过渡态结构做自旋密度布居图有意义吗，如果有意义说明什么呢，说明这时单电子已同时分布在N和O原子上吗？
[图片]
A:
这是自旋密度图，不是自旋密度布居图
物理意义就是你说的
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2016.07.14 18:38:24
Q:
老师文献中的这个最高占据自然轨道的占据数[图片]怎么查找，谢谢
A:
pop=NO输出自然轨道和占据数
Q:
[图片]老师这样写输入文件可以吗
A:
可
Q:
我是这样写的，计算完了之后输入，我输入NO 结果查找不到，我应该输入什么关键词可以查找
A:
那可能正好搜到，仔细看输出文件
太想当然了
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2016.07.14 19:24:32
Q:
键级两种都算出来，mayer 和Laplacian 放到同一个表里有意义么我主要想说明从IM TS P过程中关键的几个键的变化
A:
可以，有
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2016.07.14 19:39:34
Q:
请教老师，怎么感觉MS功能不如高斯强大？
[表情]，专业做计算的还用什么界面
错，专业做计算的才用界面
比如结构优化，时时观测
A:
目的不一样
纯粹量化范畴的计算高斯更强
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2016.07.14 19:46:14
Q:
sob老师您好，我显示富勒烯碳笼和内部cluster之间的轨道重叠部分的时候，我格点用的是cluster@Cage,然后cage作为第一部分，cluster作为第二部分，我选轨道的时候选的是HOMO重叠，但是显示出来没有重叠啊
A:
肯定是操作问题
先把博文里那个例子完整重复一遍
或者等值面数值调小点再看看，如果怎么调小也显示不出来一定是操作过程不对
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2016.07.14 19:48:26
Q:
[图片] 这东西安装会麻烦？
还要配置好多环境变量
不如MS直接把一个破解文件拷贝进去
就破解了
medeA也破解了？
我现在已经被免费软件的环境变量搞疯了
免费的软件你就不要挑了，不收费让你用，就知足吧。
A:
一个新东西，而且没有压倒性的优势，想要流行开来，有盗版几乎是必须的
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2016.07.14 20:20:22
Q:
[图片]
Amber14+Ambertools15 尝试做有机小分子的动力学模拟，运行 tleap -s -f leaprc.ff10 时提示找不到 leaprc.ff10 文件，搜索找到其在oldff中如上，是否需要将它从 oldff 中提到上一层目录？或选用哪个新的参数文件比较合适？
A:
14SB
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2016.07.14 20:48:00
Q:
老师，刚刚问您mayer 键级和laplacian键级都算出来放一个表里，老师您说有意义，那意义是否在于：两种不同定义的键级都表明了键级（强）的变化趋势？
A:
键级特征不同，侧重点不同。看拉普拉斯键级原文的讨论
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2016.07.14 22:10:26
Q:
Counterpoise corrected energy = -1164.078839135480
BSSE energy = 0.000659415350
sum of monomers = -1164.075358838885
complexation energy = -2.60 kcal/mole (raw)
complexation energy = -2.18 kcal/mole (corrected) 这里的配位能表示什么？ @Sobereva
A:
相互作用能
Q:
是两分子之间的？还是
A:
当然是你设的两个片段之间的
Q:
Counterpoise corrected energy = -1164.078839135480
BSSE energy = 0.000659415350
sum of monomers = -1164.075358838885
complexation energy = -2.60 kcal/mole (raw)
complexation energy = -2.18 kcal/mole (corrected) 老师，那两个分子的总能量是哪一项？？谢谢老师
A:
Counterpoise corrected energy
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2016.07.14 22:22:59
Q:
大家有知道怎样用gaussian能够得到吸收光谱图么？
类似这样的[图片]
A:
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224
Q:
好的老师，我用的关键词是：# freq td=singlets b3lyp/3-21g 只能得到紫外可见光谱。吸收光谱怎样到处啊？
A:
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
紫外可见光谱本身就是吸收光谱的一种
Q:
老师，是不是我要得到吸收光谱，是不是需要分别对体系的基态和激发态进行计算，然后得到他们的差值？
A:
按博文去做就完了
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2016.07.14 23:36:30
Q:
老师您好通过紫外计算怎么判断吸收光谱是哪个基团产生的谢谢
A:
图解电子激发的分类
http://sobereva.com/284
做NTO、electron-hole分析等方式可考察，看博文
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2016.07.14 23:50:15
Q:
sob老师，请问GROMACS的培训什么时候能开始呢？
A:
下学期
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2016.07.15 01:52:19
Q:
请问，Gaussian的NTO分析结果，除了最高NTO对儿的本征值之外，后面的布居分析结果（mulliken电荷，偶极矩等）是不是没么子意义呀？
A:
对
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2016.07.15 04:25:24
Q:
我觉得如果要得到激发前后的电荷密度差，激发态计算应该写上td density，才能得到激发态的电子密度fchk。然后用这个fchk减去基态的fchk，
或者减去td不写density的fchk
那算不出来？
A:
光用td density得到的fch里存的还是基态轨道，必须按照multiwfn手册第四节开头的说明把自然轨道转存到fch，Multiwfn里给出的才是激发态密度。
用.wfn就省事多了，直接用td density产生的.wfn文件在Multiwfn里面得到的就是激发态密度
Q:
对了，老师我fch文件是按照说明书写得出的，可不可以利用multiwfn像wfn一样得出电荷转移量？
A:
可以
Q:
前提是已经得到了fchk文件，这是其输入文件[图片]
，想得到第一激发态到基态的电荷转移量，用fchk与out，请问老师可以吗？
A:
具体怎么定义转移量？
Q:
从正电荷中心到负电荷中心，设得是0.0004，密度差的正值部分积分，怪我没说清楚....
A:
这种输入文件不行。直接
cam-b3lyp/genecp td density out=wfn
用产生的wfn文件和基态的wfn文件求差就完了
非要用激发态的fch文件，如前所述必须把激发态自然轨道转存到fch里，否则fch里的轨道还是基态DFT轨道
Q:
好的，谢谢老师了
明天我直接用wfn，再算一遍
[图片]
定义完转移量后，电荷转移量直接就是这个multiwfn数据对吧？
A:
“定义完转移量后”意义不明
具体怎么定义转移量？
激发态与基态的密度差的正值或负值部分积分？
Q:
好的，谢谢老师了
明天我直接用wfn，再算一遍
[图片]
定义完转移量后，电荷转移量直接就是这个multiwfn数据对吧？
A:
就取这个
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2016.07.15 04:25:24
Q:
iop(6/8＝3)输出的是个方阵，multiwfn绘图的时候也是方阵。但是nto分析里却是用Nocc*Nvirtual的来做奇异值分解...为什么应用中有这么个差异呢？
尤其想问，如果拿iop6/8＝3的方阵去做特征值分解，和nto结果会一样吗？
integral of hole是电子空穴分析的结果啊
老师来了[表情] 原来这样啊
sob老师麻烦你看看我刚才的问题啊
A:
啥问题？
Q:
iop(6/8＝3)输出的是个方阵，multiwfn绘图的时候也是方阵。但是nto分析里却是用Nocc*Nvirtual的来做奇异值分解...为什么应用中有这么个差异呢？
尤其想问，如果拿iop6/8＝3的方阵去做特征值分解，和nto结果会一样吗？
[表情]
[图片]请问用IOp(6/8=3)输出的这个density matrix是这个博文里说的跃迁密度矩阵吗？好像维度对不上
A:
NTO本来就不是直接简单地对跃迁密度矩阵做个对角化
跃迁密度矩阵就是Nbasis*Nbasis维的
Q:
还是有点糊涂..那写成Nocc*Nvirtual的好处是什么呢？直接对角化那个方阵会是什么情形？
A:
直接对角化大抵什么也不是，需要做特殊的变换，有兴趣看原文琢磨
----------------------------------------------------
2016.07.15 04:30:25
Q:
Sob老师您好，我想问一下两根键的electron density ellipicity along bond path不同，我该从哪方面去分析这种不同呢？因为我发现拉普拉斯算符沿着这个相同的键径变化趋势是几乎相同的。
A:
键的pi特征不同。pi键特征越强，椭率越大（只有一个pi键的情况，两个pi键还是会接近轴对称的）
Q:
谢谢老师。老师，我想问一下，能否接着研究造成这个Pi键特征不同的原因在哪？可以从哪方面研究？老师可否提点一下。
A:
不结合实际问题很难说
先说清楚前提，什么过程的
----------------------------------------------------
2016.07.15 11:22:17
Q:
请教下6-311G，３－２１G这种split valence基组，例如2s分裂成2s'和2s''，被分裂的基函数是不是在线性组合成分子轨道时，2s'与2s''都参与，而不是通过2s=a*2s'+b*2s'',　用2s来参与分子轨道的
A:
对
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2016.07.15 17:01:12
Q:
[图片][图片]请问大家，当前设置的半宽高是0.46ev，我应该怎么设置把峰的最大值降下来
[图片]请问，怎么导出图右边的数据？
这是Multiwfn展的，貌似只能导出左边
A:
spectrum_line.txt绘制出来的离散竖线就是对应右边的轴。选项-1也可以把每个跃迁的信息都输出出来，从屏幕上直接拷就完了
Q:
老师我的意思是曲线上的值，以能量为横坐标，振子强度为纵坐标，导出一组这种组合方式的点@Sobereva
A:
选项-1直接就输出了
Q:
[图片]-1输出的是这个，我是想要（nm，f）以能量为横坐标，振子强度为纵坐标，这样的一系列的很多很多的点
A:
根本就没有那样的东西，振子强度是对于一个跃迁来说的，哪可能有很多点
要么离散的竖线，要么连续的曲线
Q:
对对，我就是想要连续的曲线，（nm，f）以能量为横坐标，振子强度为纵坐标，导出很多很多点就可以做连续曲线了
A:
连续曲线的纵坐标是epsilon，不是振子强度！
仔细看此文了解是怎么从量化算的数据展宽成曲线的
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224
(nm,epsilon)：连续曲线
(nm,f)：离散的值
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2016.07.15 17:52:01
Q:
Sob老师，您好，请问在做电荷分析时，使用gaussian做NBO分析和使用VASP做bader charge分析，哪个会更好一些，假设分析的体系使用gaussian 和VASP均可以进行优化。谢谢sob老师@Sobereva
A:
什么体系？分子体系当然不要用VASP，周期性体系想用Gaussian也很费劲
Q:
谢谢Sob老师，我计算的体系是一个分子体系，在进行结构优化时均是在gaussian中进行的，可是在使用NBO分析电荷时，我做的体系总会出现和理论值相悖的结果，同时又试了mulliken和APT分析，结果都和NBO分析的一样，可是使用bader charge分析时却可以很好的吻合~我该怎么选择呢？再次谢谢sob老师~
A:
尝试ADCH或Hirshfeld电荷，看群共享《原子电荷计算方法的对比》
所谓bader charge就是AIM电荷，一般都叫AIM电荷，要计算AIM电荷甭用其它程序，用Multiwfn（看手册4.17.1节的例子）或者AIMALL
VASP+Bader程序算出来严重不准
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2016.07.15 18:22:24
Q:
各位老师好，为什么我安装GV508W是出现
Failed tolocate .ini file in Gaussian directory
A:
全都卸干净，先安装高斯，再把gview装到相同目录
目录不得有中文、空格
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2016.07.15 18:30:52
Q:
[表情]
能不能录个视频呢，淘宝上卖，更多人可以学习
A:
不能
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2016.07.15 18:35:03
Q:
sob老师，给体和受体的质心距离越大是不是可以说明它的CT态更多一些
A:
没法说“CT态更多”，语焉不详
----------------------------------------------------
2016.07.15 18:35:10
Q:
老师给推荐本入门dft化学书吧
A:
levine的quantum chemistry
Q:
好的，谢谢，那本书没看完，以前没注意到有dft
A:
起码把目录看一遍啊
----------------------------------------------------
2016.07.15 18:50:45
Q:
sob老师请问下计算荧光时候，opt正常结束了，但是计算频率还是有虚频，这个是不是应该重新优化？
A:
看距离收敛限还差多少
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
Q:
好的，是不是如果差的少就可以忽略？
A:
y
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2016.07.15 18:56:03
Q:
[图片]
请教一下各位老师，优化一个这样的配合物并计算他的NBO用什么基组比较好
高斯小白，希望大家不要笑话～
A:
6-31G*
Q:
不是说有F这样电负性大的原子要加弥散函数吗？
A:
根本不用！
至多3-zeta也已经描述得很好
Q:
好的，谢谢老师，我之前用的6-31+g*优化的结果只能得到两个yes是什么原因呢
A:
弥散函数容易有碍收敛
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
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2016.07.16 00:12:12
Q:
老师，请问用Multiwfn做AdNDP分析多中心键，如果共86个价电子，做完分析，剩8.16个电子，是否合理？
A:
有的体系整体离域性强，注定会剩下很多电子不好归属
没法光看这个判断
----------------------------------------------------
2016.07.16 00:13:00
Q:
请问老师，IRC图上的total energy指的是什么能量，跟zero-point energy有关系吗
A:
就是电子能量
无关
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2016.07.16 01:22:59
Q:
请问各位，哪里有multiwfn程序下载及help？
A:
[图片]
Q:
[表情]
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2016.07.16 03:35:51
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
公告：本月16~19日群主Sobereva因为讲科音基础量化培训班的课十分忙碌，这期间不回复群里任何学术方面的提问，私聊更不回，请相互转告。
Q:
今天是最后一天啊
抓紧时间问
A:
因为要备课，今天晚上也几乎不回
----------------------------------------------------
2016.07.16 03:36:46
Q:
老师我们一般研究NBO时大多看LP (2) F 21→ BD*( 1) C 14 - F 20 这种孤对电子向反键轨道转移电子的二阶稳定化能。但是我现在研究的体系，要断裂的键没有出现类似情况只有两个反键轨道的二阶稳定化能 BD*( 1) S 10 - O 13 →BD*( 1) O 13 - C 15 ，（这里O13-C15键断裂）@Sobereva
A:
没意义。甭试图用NBO讨论断键问题
较新版本NBO应该都不会输出BD*->BD*这种无意义的鬼东西了
Q:
那断键成新键用什么手段比较好呢，键级什么的都用了@Sobereva
A:
ELF、键级、自旋密度等等都可以讨论
----------------------------------------------------
2016.07.16 04:48:11
Q:
老师您好，分析弱作用时，用RDG函数，分析出来需要对比的几个做出来都是绿色的，不好进行对比。请教一下老师在，这样的情况我应该如何处理呢？谢谢老师
A:
说明本身作用强度就相仿佛
----------------------------------------------------
2016.07.18 05:10:27
Q:
请教老师一个问题，ONIOM方法中，MM区对QM区的极化作用，非键合原子之间也能体现出来吗？
A:
用电子嵌入就可以体现
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2016.07.18 06:26:35
Q:
请问，使用内存为16G的计算机在windows系统下进行计算。使用关键词%mem=400mw，按理说内存应该够用，为什么还是出现2070内存不够错误。
A:
因为你用的高斯是32bit的
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2016.07.19 04:23:07
Q:
大家好，最近被含时的密度泛函所干扰，请问可以用gauss计算么？还有计算的时候命令怎么写啊，自学中，求指教
A:
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
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2016.07.19 07:00:40
Q:
请教一个问题, 安装gromacs-5.1.2, 命令如下
cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/x_qinli/Programs/Gromacs512/
make -j 8 ; make install
安装一切顺利, 只是在文件夹bin中只有如下几个文件:
demux.pl gmx gmx-completion.bash gmx-completion-gmx.bash GMXRC GMXRC.bash GMXRC.csh GMXRC.zsh xplor2gmx.pl
其它的可执行工具都没有, 试过多次, 还是如此! 而gromacs-4.6.7就可以顺利安装, 请问有人知道如何解决这个问题吗? 十分感谢!
A:
本来就这样
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2016.07.20 16:50:53
Q:
请教一下：我想将基态优化和激发态计算通过一个gjf进行计算。
设置是这样的：
%chk=DMAC-DPS-link.chk
%mem=20GB
%nprocshared=24
# opt freq b3lyp/6-31g(d)
s0 opt
0 1
--link1--
%oldchk=DMAC-DPS-link.chk
%chk=DMAC-DPS-link-S1-T1.chk
%mem=20GB
%nprocshared=24
#p td=(50-50,nstates=6) b3lyp/6-31g(d) geom=check guess=read
S1 T1 calculation
0 1
但是第一步的基态优化成功，接着进行第二步计算的时候出现下面的语法错误提示：%oldchk=DMAC-DPS-link.chk
Error parsing percent card:
QPErr --- A syntax error was detected in the input line.
%oldchk=DMAC-DPS-link.chk
'
Last state=""
TCursr= 184 LCursr= 1
Error termination via Lnk1e in /home/customer/g09/l1.exe at Thu Jun 9
A:
老的g09版本不支持oldchk写法
Q:
那sober老师我直接这么写可不可以？--link1--
%chk=DMAC-DPS-link.chk
%mem=20GB
%nprocshared=24
#p td=(50-50,nstates=6) b3lyp/6-31g(d) geom=check guess=read
@Sobereva
A:
可
Q:
谢谢老师计算没有问题，请问这样计算的.chk文件是否保存了S0 opt+freq的信息和S1/T1的信息，还是只保存了S1/T1的计算信息，谢谢老师
A:
具体指什么信息？
Q:
具体指的是S0的HOMO/LUMO信息@Sobereva
A:
你做td=(50-50,nstates=6) b3lyp/6-31g(d)计算本来就会产生 b3lyp/6-31g(d)的轨道并保存在chk里
这就是S0的
TDDFT没有所谓激发态轨道
----------------------------------------------------
2016.07.20 17:47:34
Q:
请问老师Multiwfn 可以做出来这样的图吗[图片]
A:
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269
Q:
老师，可以用多功能波函数做出二聚体的HOMO图吗？
A:
当然可以
那叫Multiwfn不叫多功能波函数
Q:
那老师该怎么看呢
A:
Sobereva(190258442) 9:48:36
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269
Sobereva(190258442) 9:48:36
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269
Sobereva(190258442) 9:48:36
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269
----------------------------------------------------
2016.07.20 18:12:08
Q:
我计算了一个Ir配合物，一直不收敛，尝试了Sobereva老师解决SCF不收敛帖子中所有方法。哪位老师有空可以帮我看一下我的输入文件？
[图片]
A:
genecp啊
否则结构不塌到一起才怪
Q:
试过 genecp
A:
不是试，是必须用！！！！！！！！！！！！！！1
否则即便碰巧收敛了结果又有何意义！？
Q:
[表情]第一次见社长大人用这么多叹号
A:
赝势基组哪能不用赝势？
Q:
最开始的时候勇的是 genecp ，看到有人没有加 ecp 也收敛了
所以我把所有的能找到的资料全部尝试了一边
A:
那个人算出来的结果是翔
Q:
全部没有收敛
学到了～
可以我用genecp 也没有收敛，您帖子上的十几种方法都用过了
A:
博文里的方式你用的方式不对，或者结构、自旋多重度之类不合理
Q:
也就是说控制行修改 genecp 后，在保证结构正确都情况下，尝试您帖子上的方法有很大可能可以解决收敛问题，对吧？
A:
对
----------------------------------------------------
2016.07.20 18:25:21
Q:
请问，有没有办法对cube文件进行插值。有没有这个程序？计算出平滑的cube太耗时了
A:
记得网上有不少现成的spline三维插值的C语言代码可以用
----------------------------------------------------
2016.07.20 18:42:55
Q:
[图片]各位老师好，我想问下这些5f(0),5f(c1)等这些轨道具体代表哪些轨道？比如2px,2py这样的，在wfn手册没找到，谢谢
A:
这是NBO程序里用的表示符号，这里说了
球谐型与笛卡尔型Gauss函数的转换关系
http://sobereva.com/97
[图片]
----------------------------------------------------
2016.07.20 18:47:37
Q:
TDDFT计算是否不能给出n-π*跃迁？我做了苯甲醛的计算，只有发现有π-π*的跃迁。求大侠指点
A:
当然能给出
算的态数不够，或者没看仔细
----------------------------------------------------
2016.07.20 18:51:19
Q:
大社长，纯B团簇吸附碱金属，用PBE0是不是比B3LYP要好？此前用B3LYP优化无虚频，但是PBE0就有虚频
A:
没听说，通常都是半斤八两
Q:
[图片]
这句话应该可以认为PBE0好于B3LYP？
A:
>=的关系
----------------------------------------------------
2016.07.20 18:51:39
Q:
请问下，高斯里，设置电场时，如field=z+400.。。。优化过程中会对原子的坐标有限制吗
A:
没限制
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2016.07.20 19:05:34
Q:
请问可否通过multiwfn得到前线轨道的具体轨道组成？比如主要是pi还是pi*等？
A:
一看轨道图形就知道了
----------------------------------------------------
2016.07.20 19:06:02
Q:
大群主我开始追LL了
A:
sunshine追了？
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2016.07.20 19:08:22
Q:
求助Sob老师，我们老师说让我尝试一下PBE-D和PBE0-D3方法计算我的体系？我查了PBE0就是PBE1PBE,那PBE是？它们的关键词这么输入正确吗？PBE-D：PBE/EmpiricalDispersion=GD3; PBE1PBE/EmpiricalDispersion=GD3BJ
A:
PBE=PBEPBE
Q:
哦哦，好的，明白了
A:
PBEPBE/def2TZVP EmpiricalDispersion=GD3BJ
Q:
老师，那-D和-D3的区别是在后面EmpiricalDispersion=GD3(BJ)是吗
A:
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
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2016.07.20 19:10:24
Q:
恩恩，谢谢，也就是如果multiwfn进行处理，如果要用到fchk文件，我将这个计算完成的fchk文件放入即可，不管是基态还是激发态。如果需要基态的log文件，我只需要将这个一次计算得到的log文件中的激发态计算信息删除就可了；如果需要激发态的log文件，我只需要将这个一次计算得到的log文件中的基态计算信息删除就可了？谢谢@Sobereva
A:
什么叫基态信息？
你不写TD算的就是基态
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2016.07.20 19:18:08
A:
这文章真够省事
http://www.orientjchem.org/pdf/vol32no3/OJC_Vol32_No3_p_1589-1600.pdf
直接把Multiwfn文本窗口截图贴上去当表格
[图片]
Q:
感觉他里面的很多图片都是截图的感觉
A:
然
伊朗人现在计算化学水文甚多
Q:
是因为没条件做实验么
差不多是
国内也有很多这种情况，实验条件有限，就搞理论计算去了。
A:
大抵和天朝一样，竞争激烈，不得不多灌水
Q:
要是总灌水，参加个什么会，都不好意思见人。[表情]
这个都看不清楚图怎么会接收发表出来的呢
A:
毕竟是个非SCI刊物
Q:
奥，要求不高啊
750镑一篇文章…
就rsc advance
这叫开放获取吧，开源什么鬼
那收钱是什么意思
A:
一般的期刊是向读者要钱，不向作者要钱
免费观看的期刊是向作者要钱，不向读者要钱
Q:
[表情]那谁还投这个期刊了？
如果nature管你要两万块钱，给你发一篇你发不发
A:
开放访问是期刊的趋势
作者有经费，大多也不差这点钱。当然对民科是残忍的
20万都照样有人发
Q:
国内大学体制运作的好20万一篇nature主刊出来马上就回本了
A:
自筹费用
要么发别的
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2016.07.20 19:19:10
Q:
用高斯结构优化，虚频有的在40-50左右，还有个一百左右的。有的有两到三个虚频。。请问怎么调合适。试了一下那个start animation,感觉不怎么管用。求助各位大神。
A:
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
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