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[综合交流] 求助如何判断聚合物体系是否达到平衡

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各位老师好,我想知道对于聚合物体系,在跑NPT的时候,我该如何判断体系是否已经达到平衡呢?
我看了sob老师发的文章《谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡》,不过里面有没提到聚合物。我在gromacs forums上(https://gromacs.bioexcel.eu/t/ho ... rum-time-in-md/1206)看到有老师说在确保温度、压力等性质平衡的前提下,如果均方回转半径随着时间变化变得稳定,就可以说体系平衡了;不过我也有看到有老师说可以通过末端向量和均方位移等性质来判断是否达到平衡;想问问各位老师哪一种方法更合理呢?是否有相关的文献推荐?谢谢

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发表于 Post on 2023-6-29 23:24:31 | 只看该作者 Only view this author
古德猫宁341 发表于 2023-6-29 13:14
感谢sob老师,我这里还有一个问题。这张图里Rg随着时间变化上下波动在0.05nm左右,但是总体好像稳定在4.2 ...

光从这指标来看可以算是平衡了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-6-29 13:14:20 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 古德猫宁341 于 2023-6-29 13:30 编辑
sobereva 发表于 2023-6-28 00:12
所有聚合物分子的平均的均方回转半径随着时间变化可以作为判据之一

感谢sob老师,我这里还有一个问题。这张图里Rg随着时间变化上下波动在0.05nm左右,但是总体好像稳定在4.23nm左右。请问可以判断体系平衡吗?盒子里总共有36条聚乙烯链,我用-nmol 36命令计算的平均均方回转半径。

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发表于 Post on 2023-6-28 00:12:07 | 只看该作者 Only view this author
所有聚合物分子的平均的均方回转半径随着时间变化可以作为判据之一
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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