[GROMACS] gromacs模拟分子筛nvt\npt平衡后结构出现错位

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LINQIXUAN

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发表于 Post on 2023-6-30 15:53:05 | 只看该作者 Only view this author |只看大图 View big picture 回帖奖励

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本帖最后由 LINQIXUAN 于 2023-6-30 15:55 编辑

各位老师好，最近模拟分子筛ZSM-5，填充水溶剂，em 之后em.gro是正常的，nvt/npt之后用VMD载入**.gro文件发现分子筛和溶剂都错位了，如图1所示，继续载入轨迹文件**.trr之后又归位了，如图2所示。不知道为什么会这样，而且模拟的时候没有报错。这种情况下可以忽视这种现象继续模拟吗？有什么方法可以让nvt.gro/npt.gro里的结构不错位吗？

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