CP2K-plumed 做meta-dynamic计算free energy的问题

ustbhh@126.com · 发表于 Post on 2023-6-30 17:49:42

各位大佬好！
我使用CP2K-PLUMED联动做还原反应的meta-dynamic模拟，目前已经完成HILLS文件填充，想要进一步的将势能面图画的好看一些，但是目前只会用现成的metadynmier软件输出势能面图片，且无法得到完整的势能面数据，因此想请教是否有一些新的方法。

本人也做过一些尝试，比如plumed自带的sum_hills方法，但是必须添加--kt参数，且kt设置不同，得到的能量明显不同，无法判断准确程度。
如果不添加--kt参数，则出现以下错误

所以希望有经验的大佬可以来指点迷津！！！！感激不尽！！！

莫斯科学家 · 发表于 Post on 2024-2-27 21:47:40

这个问题解决了吗？我也遇到了同样的问题，相同的报错

ustbhh@126.com · 发表于 Post on 2023-7-7 11:47:34

liumei123 发表于 2023-7-5 21:42
您好，请问您的问题解决了吗？我最近也刚开始学习用PLUMED做metadynamics，也遇到了这方面的问题。另外，我 ...

没有解决。。。

liumei123 · 发表于 Post on 2023-7-5 21:42:34

本帖最后由 liumei123 于 2023-7-6 10:38 编辑

您好，请问您的问题解决了吗？我最近也刚开始学习用PLUMED做metadynamics，也遇到了这方面的问题。另外，我想请问一下如何确定高斯函数高度w、宽度sigma和bias factor这几个参数呢？

Weldingspock · 发表于 Post on 2023-7-1 22:47:28

大佬你好，请问cp2k怎么和plumed联用做metadynamics呢，不知道是否方便站内私信学习一下？

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