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[GROMACS] LDH+水的盒子加完离子之后模型变形

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做了一个LDH+水的盒子,如图1。然后往里加了1M的KCl溶液之后,模型就变成了如图2,OH键全部集中在LDH位置的上侧,Al集中在下侧,Co无法识别,然后K离子和Cl离子显示成了一样的颜色绿色。而且为啥MS做完的模型,在vmd没办法显示残基名呢,就是vmd中那个resname,只显示了LDH的一个整体,没有区别出来离子。请问这两个问题该怎么解决呢。

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LDH+水

LDH+水

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LDH+水+K离子+Cl离子

LDH+水+K离子+Cl离子

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2#
发表于 Post on 2023-7-6 10:16:16 | 只看该作者 Only view this author
载入VMD的pdb文件里必须有残基名才行,自行检查便知,M$没产生就自己想办法补上
并且确保pdb文件里记录了元素信息,免得VMD根据原子名猜不对元素
在VMD程序里对不同元素的原子用不同颜色显示的方法
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