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[综合交流] 关于将RESP.sh写出pbs脚本类型如何自定义小分子净电荷后的问题

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楼主
大家好,想请教一个问题,就是最近我想使用RESP.sh懒人脚本,但是由于我们实验室的服务器的原因,工程师只让我们提交pbs脚本。然后他给我写了一个RESP.pbs脚本用来运行RESP.sh(脚本如下)。但是现在我有一个问题,就是我应该怎么自定义小分子的电荷呢?如果直接使用RESP.sh,我看到Sob老师的教程是用./RESP.sh NAP.mol2 1  这样的方式来将NADP+的电荷自定义为+1,但是现在我只能用这个pbs来提交RESP任务,我想请问这种情况下,我应该怎么来自定义NADP+的电荷呢?我看到RESP.sh里面有几句代码是关于定义电荷的,但是不知道应该怎么修改可以满足我自定义电荷的要求。希望可以的到前辈的指导,谢谢。下图是将RESP.sh转化为RESP.pbs后的脚本。截图的后面命令跟RESP.sh的命令是一样的,不一样的地方就是在PBS脚本里前面加了一些PBS作业提交系统需要添加的东西。就是想知道应该修改什么地方才可以是的这个RESP.pbs脚本可以用于拟合净电荷为+1的小分子的电荷。谢谢!

b9acf1c7290f8e0a8f078677e9a2485.png (53.52 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

b9acf1c7290f8e0a8f078677e9a2485.png

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发表于 Post on 2023-7-9 10:12:07 | 只看该作者 Only view this author
ShineZhu 发表于 2023-7-9 10:07
老师这些是相关的输入和输出文件,如果可以的话,还想麻烦老师可以帮忙看下,多有打扰,谢谢卢老师。

输出文件可看到
Structure from the checkpoint file:  "gau.chk"
FileIO operation on non-existent file.

说明当前gau.chk不在默认目录下,没法读取。
PBS我不清楚,实在搞不定就干脆手动用Gaussian做优化,然后用Multiwfn算RESP电荷。

想让我回答记得点击帖子下面的 回复 按钮,否则我大概率看不到
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-9 10:07:38 | 只看该作者 Only view this author
老师这些是相关的输入和输出文件,如果可以的话,还想麻烦老师可以帮忙看下,多有打扰,谢谢卢老师。

g16-test.e1761

1.81 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

g16-test.o1761

175 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 0

gau.out

7.26 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

RESP.pbs

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NAP.mol2

4.54 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

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发表于 Post on 2023-7-9 09:24:48 | 只看该作者 Only view this author
ShineZhu 发表于 2023-7-9 07:53
老师可以麻烦您再帮忙看下gau.out最后提示这个错误是为什么吗,谢谢您。

信息不充分。得有输入文件和完整出输出文件
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-9 07:53:26 | 只看该作者 Only view this author
老师可以麻烦您再帮忙看下gau.out最后提示这个错误是为什么吗,谢谢您。

202307090753177688..png (19.77 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

202307090753177688..png

202307090753231141..png (65.39 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

202307090753231141..png

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发表于 Post on 2023-7-9 03:55:22 | 只看该作者 Only view this author
ShineZhu 发表于 2023-7-8 14:47
不好意思,还得打扰下老师。我加了一行chg=1,但是运行报错。想请问这是因为什么呀,谢谢卢老师!

看中间产生的Gaussian输出文件判断
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-8 14:47:33 | 只看该作者 Only view this author
不好意思,还得打扰下老师。我加了一行chg=1,但是运行报错。想请问这是因为什么呀,谢谢卢老师!

202307081446278957..png (22.55 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

202307081446278957..png

202307081447305516..png (11.28 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

202307081447305516..png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-8 14:33:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-7-8 13:38
if [ $3 ];then那行前面加一行,写上比如chg=1就代表计算+1电荷状态

谢谢卢老师的指导!!

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发表于 Post on 2023-7-8 13:38:04 | 只看该作者 Only view this author
if [ $3 ];then那行前面加一行,写上比如chg=1就代表计算+1电荷状态
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