有机-无机杂化体系sobNEB插值问题

wmy · 发表于 Post on 2023-7-10 21:55:57

本帖最后由 wmy 于 2023-7-11 17:47 编辑

最近得到了有机-无机杂化体系相变前后的结构，想在两个结构之间插值一系列结构计算相变过程中能量的变化。请教下各位一些问题：
1 如何用sobNEB插值，实现在不删除有机部分的情况下实现只插值无机框架，不插值有机部分呢？
2 有机部分插值是不是只能手动改变呢，有没有自动生成的呢？

3 有没有可能NEB不适合做这种，跑个便宜的半经验精度下动力学更合适一些？

相变阳离子发生了翻转，无机框架发生了前后位移

sobereva · 发表于 Post on 2023-7-12 09:18:46

NEB不是很容易搞这个，而且这还牵扯到晶胞参数的变化，CP2K做NEB的时候没法考虑这点。建议先尝试动力学角度研究。

wmy · 发表于 Post on 2023-7-11 17:46:34

sobereva 发表于 2023-7-11 13:11
先把相变前后的结构图贴出来，体现清楚结构变化、哪部分是有机哪部分是无机

已经修改了帖子，贴出了相变前后结构的变化。cif文件也提供了。麻烦老师看一下

sobereva · 发表于 Post on 2023-7-11 13:11:53

先把相变前后的结构图贴出来，体现清楚结构变化、哪部分是有机哪部分是无机

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[CP2K] 有机-无机杂化体系sobNEB插值问题