gamess 能量分解内存不够

nunup5 · 发表于 Post on 2016-8-12 10:33:10

用gamess算LMOEDA，103个原子，两个金属的体系，monomer的计算可以进行，算到super molecule就内存或DDI出错，是不是这体系太大了啊

dy19930508 · 发表于 Post on 2016-10-7 11:15:19

sobereva 发表于 2016-10-3 22:32
这样基组还说得过去，没什么问题。有条件的话增加到3-zeta

今天刚刚看到老师的回复，谢谢SOB老师

sobereva · 发表于 Post on 2016-10-3 22:32:52

dy19930508 发表于 2016-9-28 22:24
老师您好！假如我使用LMO-EDA计算一个小分子吸附在一个约60个原子的有机结构体系上，用BLYP/6-31+G(d,p) ...

这样基组还说得过去，没什么问题。有条件的话增加到3-zeta

wei · 发表于 Post on 2016-10-3 18:42:48

6-31G这样的级别配以弥散和极化，我不知道这样的意义有多大

dy19930508 · 发表于 Post on 2016-9-28 22:24:40

wei 发表于 2016-8-15 23:13
如果是用gamess的LMO-EDA分解后得到的若干能量项，再加上Grimee的DFTD3所得的色散校正，这二者的搭配值得 ...

老师您好！假如我使用LMO-EDA计算一个小分子吸附在一个约60个原子的有机结构体系上，用BLYP/6-31+G(d,p)计算出来的各项能量值是不是误差太大，已经没有分析的意义了？
如果不分析具体的数值只分析各项能量所占的比例是否还正确呢？
谢谢老师！

wei · 发表于 Post on 2016-8-15 23:13:49

nunup5 发表于 2016-8-15 09:59
色散校正可以用Grimme的DFTD3程序来计算，安装和计算都不难。

如果是用gamess的LMO-EDA分解后得到的若干能量项，再加上Grimee的DFTD3所得的色散校正，这二者的搭配值得商榷。可靠的方法还是用GKS-EDA，因为这一方法的能量项在LMO-EDA的基础上都重新定义了，从原理上来说更准确。你可以比较一下二者的结果。

dy19930508 · 发表于 Post on 2016-8-15 10:35:53

nunup5 发表于 2016-8-15 09:59
色散校正可以用Grimme的DFTD3程序来计算，安装和计算都不难。

嗯，谢谢老师，我学习一下

nunup5 · 发表于 Post on 2016-8-15 09:59:27

dy19930508 发表于 2016-8-13 16:42
非常感谢老师的解答！谢谢老师！

色散校正可以用Grimme的DFTD3程序来计算，安装和计算都不难。

冰释之川 · 发表于 Post on 2016-8-14 09:16:31

wei 发表于 2016-8-13 13:46
1) blyp/6-311+G(d,p)方法和基组是否可以呢？-----应该可以
2）基组重叠误差？---输出结果有考虑
3）色散 ...

GKS-EDA 可以直接问开发者要修改版的GAMESS

dy19930508 · 发表于 Post on 2016-8-13 16:42:22

wei 发表于 2016-8-13 13:46
1) blyp/6-311+G(d,p)方法和基组是否可以呢？-----应该可以
2）基组重叠误差？---输出结果有考虑
3）色散 ...

非常感谢老师的解答！谢谢老师！

wei · 发表于 Post on 2016-8-13 13:46:12

1) blyp/6-311+G(d,p)方法和基组是否可以呢？-----应该可以
2）基组重叠误差？---输出结果有考虑
3）色散校正？gamess是否支持D3校正呢？-----LMO-EDA，mp2方法可以校正；DFT的D3或D2校正只有GKS-EDA方法支持，这一方法似乎还没纳入gamess的网上版本

dy19930508 · 发表于 Post on 2016-8-13 10:27:45

wei 发表于 2016-8-12 10:55
1) gamess的EDA确实吃内存，我服务器配了256G内存很大程度上就是为了EDA。2)我体系是有机分子，94个原子，b ...

老师您好，我想计算一个只有C、H、O的有机分子体系，约90个原子。
新手一枚，提出一些简单疑问，请您见谅！
最近刚学习使用gamess的能量分解，看到您说gamess计算能量分解很费内存，我们实验室的机子是126G的内存，考虑到计算耗时和精度，那么使用blyp/6-311+G(d,p)方法和基组是否可以呢？基组重叠误差和色散校正应该怎么考虑呢？gamess是否支持D3校正呢？谢谢老师。

wei · 发表于 Post on 2016-8-12 17:57:37

如果用的是未加弥散的triple zeta基组，我感觉128G还是可以算动的；ADF我用过，能量分解没有gamess的好

冰释之川 · 发表于 Post on 2016-8-12 15:30:14

nunup5 发表于 2016-8-12 13:57
这个关键词已经用上了，然并卵。。。

像上百个原子的大体系，内存肯定是硬伤，其它EDA软件需不需要这么大的内存我不知道，但是GAMESS肯定没戏了（如果计算机共享内存很小的话）

nunup5 · 发表于 Post on 2016-8-12 13:57:02

yflchx 发表于 2016-8-12 11:04
很久没用过了。

是不是可以尝试DIRSCF=.T.？

这个关键词已经用上了，然并卵。。。

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GAMESS-US] gamess 能量分解内存不够

浏览过的版块

[GAMESS-US] gamess 能量分解 内存不够

浏览过的版块

[GAMESS-US] gamess 能量分解内存不够