求助一个蛋白里需要同时跑两个小分子的MD的方法

wang98

求助~我做分子对接的时候是需要看两个小分子在蛋白里的相互作用，现在需要跑个MD进一步观察，但是我有点拿不准该怎么去设计。
想来求助一下各位大佬们，这种情况下，是一起构建好一起写进topol.top文件嘛，和做单个的蛋白配体复合物的MD的方法差不多嘛

sobereva

照常用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）等程序产生每个配体的itp文件，都恰当include到主top里就完了。真正弄清楚了含一个配体的复合物怎么模拟、搞清楚了拓扑文件的基本逻辑，不可能不知道两个配体时怎么模拟。