DP-GEN和新版Pymatgen间存在的bug及解决方法

Aletyx

跟着DP-GEN官网的Tutorial学习DP-GEN的基本用法时，第一次跑任务每次都会出现：“AttributeError: ‘str’ object has no attribute ‘from_str’“

查看完整报错提示后发现，报错的地方是pymatgen的io.vasp模块。发现某次pymatgen更新后，删除了原有的from_string方法，更新为了from_str，dp-gen又正好依赖于原有的from_string，所以导致了这个问题。（我现在的pymatgen版本是2023.7.20，dp-gen版本是0.11.1）

解决方法：

1. 将/opt/software/deepmd-kit/lib/python3.10/site-packages/dpgen/generator/run.py (自己dpgen的安装目录)文件中所有的from_string更改为from_str
2. 安装旧版pymatgen
3. 等待pymatgen更新，Jinzhe Zeng已经提交了修复，新版pymatgen应该会解决这个问题

Ref:
1. https://github.com/deepmodeling/dpgen/discussions/1282
2. https://github.com/materialsproject/pymatgen/pull/3158