葡萄糖催化反应坐标台阶图求助

landian666

想计算葡萄糖吸附在不同催化剂表面的自由能变化台阶图。


计算方法按照sob老师在《谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算》(http://sobereva.com/327)提到的计算溶液中体系自由能的方法计算的。即先分别按Gsol=Ggas+△Gsolva+1.89这个公式，计算葡萄糖、催化剂、葡萄糖吸附在催化剂的自由能，然后用葡萄糖吸附在催化剂的自由能减去葡萄糖和催化剂的自由能，得出葡萄糖吸附在不同催化剂的活化自由能，值越负说明越容易发生催化反应。


这里有两个问题想请教：
1、我的这个求葡萄糖吸附在催化剂表面计算活化自由能的的方法合理吗？
2、关于自由能计算公式Gsol=Ggas+△Gsolva+1.89，我看到很多文献是按照下面公式计算的，如文献：Core-corona Co/CoP clusters strung on carbon nanotubes as a Schottky catalyst for glucose oxidation assisted H2 production - Journal of Materials Chemistry A (RSC Publishing)，这两种方法有什么区别吗，是否都是合理的？

wzkchem5

landian666 发表于 2023-8-7 09:57
感谢sob老师和wzkchem5老师的回答，已经仔细阅读了链接。

还有一个疑问是关于水分子的自由能问题，我 ...

零点不同，高斯的能量零点是所有原子核和电子彼此都距离无穷远的状态，VASP的能量零点应该是所有原子彼此距离无穷远、且没有自旋极化，但电子没有从原子核电离的状态。好比高斯说你家楼顶高度1050m，说的是海拔；VASP说你家楼顶高度50m，说的是楼高。两个数都对，能量相减的时候零点统一就行

lhx-xwzj

landian666 发表于 2023-8-7 16:57
感谢sob老师和wzkchem5老师的回答，已经仔细阅读了链接。

还有一个疑问是关于水分子的自由能问题，我 ...

不同的计算软件绝对能量差距就是很大，Gaussian和vasp绝对能量没有可比性

landian666

sobereva 发表于 2023-8-6 18:05
这是文献里常见的不正确的计算自由能变的公式，下文里最后一节我还专门批了
谈谈重复不出来计算化学文献里 ...

感谢sob老师和wzkchem5老师的回答，已经仔细阅读了链接。

还有一个疑问是关于水分子的自由能问题，我用Gsol=Ggas+△Gsolva+1.89方法计算出来水分子自由能为-76.4Hartree，大约-2080.9ev。但是查询到的文献包括文献中vasp的计算结果，水分子自由能为-14.2ev，这两个数值有着数量级的差别，想请教一下是这两者有什么区别或者错误吗？谢谢！

sobereva

这是文献里常见的不正确的计算自由能变的公式，下文里最后一节我还专门批了
谈谈重复不出来计算化学文献里的数据的可能原因
http://sobereva.com/678（http://bbs.keinsci.com/thread-38911-1-1.html）

当前语境下activation叫活化，仔细看此文
谈谈如何通过势垒判断反应是否容易发生
http://sobereva.com/506（http://bbs.keinsci.com/thread-14313-1-1.html）

wzkchem5

没有“激活自由能”这个说法，改成标准术语再问，不然我们不知道你说的是什么意思
截图的计算方法不严格，因为漏掉了pV和U(T)-U(0)这两项。参见http://gaussian.com/thermo/