利用VMD计算孔道内水合离子的RDF的设置问题

lucky1999 · 发表于 Post on 2023-8-28 16:18:36

本帖最后由 lucky1999 于 2023-8-31 14:01 编辑

各位老师，我需要利用MD说明锂离子进入孔道内发生了脱溶剂化。因此我计算了孔道(z轴坐标为35至55的区域)内水合锂离子的RDF。请问使用以下的VMD计算RDF的设置可行吗？注：每一帧中位于孔道内的水分子、离子个数不同。

lucky1999 · 发表于 Post on 2024-9-24 19:33:11

abing 发表于 2024-9-24 15:56
老师，向您求教一下您这个COF材料的力场文件是怎么获取的呢

用卢老师的sobtop生成

abing · 发表于 Post on 2024-9-24 15:56:44

lucky1999 发表于 2023-8-31 14:07
老师，模型图已经补充了。中间是5层COF，每层COF相隔5埃，z轴坐标对应35至55的区域。模拟的是COF膜对LiCl/M ...

老师，向您求教一下您这个COF材料的力场文件是怎么获取的呢

lucky1999 · 发表于 Post on 2023-8-31 14:07:31

老师，模型图已经补充了。中间是5层COF，每层COF相隔5埃，z轴坐标对应35至55的区域。模拟的是COF膜对LiCl/MgCl2混合溶液分离Li和Mg的效果。我现在需要计算在COF孔道中Li和Mg的RDF，以此说明Li和Mg进入孔道后发生了脱溶剂化。

sobereva · 发表于 Post on 2023-8-29 23:31:18

没有体系具体结构图没法说
是否合理，取典型的一帧，把选择语句写到representation界面里看看是否正确显示就完了
其它设置没问题

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[VMD] 利用VMD计算孔道内水合离子的RDF的设置问题