求助在Autodock Vain上环糊精衍生物与药物对接失败

小机灵鬼

使用Autodock Vain，令环糊精衍生物与药物对接，药物没有进入环糊精的空腔内，不知道哪个环节出了问题，老师也不太了解分子对接，只能靠孩子自己摸索了，希望大佬们能指点一下迷津，感恩

我的过程如下：
1. 结构绘制和优化：先在Pubchem上面下载了β-环糊精的sdf文件，然后再用ChemDraw打开结构，把取代基加上，保存下来，然后用Chem3D打开修改后的文件，用MM2最小能量进行优化，将优化后的结构保存为pdb格式。
2. 分子对接： 用Autodock Vain和配套的工具打开该pdb格式文件，加氢、电荷计算然后保存为pdbqt格式文件，然后将类似处理的pdb格式的药物文件打开，检测完旋转建之后也保存为pdbqt格式文件。然后用Autodock Vain将两个pdbqt格式文件打开进行分子对接，发现结果和理想状态有较大出入，药物没有进入环糊精的空腔内。

我猜测的可能原因：
1.对接盒子设置的太小？我尝试着将对接盒子设置的更大，药物还是没有进入环糊精的空腔内。
2.药物的分子量太大？我尝试换成分子量更小的药物进行对接，还是没有解决问题。
3.可能是自己画的取代基影响了结构？我尝试用未修改的、直接从Pubchem上下载的β-环糊精结构进行对接，还是没有进入空腔内。
4.是否是因为环糊精未完全打开导致药物无法进入空腔内？尝试对着B站的教程试过，删掉Pubchem下载的结构中的楔形键，把楔形键改成普通的单键然后再用MM2优化，但是环糊精还是未完全打开。可能是我使用的方法不对?


白色的是环糊精，彩色的是药物，药物完全没有进入环糊精的空腔内


换个角度可以发现，环糊精的空腔并不是圆形，猜测是否是因为环糊精未完全打开导致药物无法进入空腔内？

c00jsw00

這個web server 其實只是一個介面,兄臺你可以將configure 下載之後再自己的PC OR LINUX 運行...另外你的藥物結構很奇怪..也許你先把sdf 轉換成有bond order 資訊的mol2 file 試試看..我之前也做過這一個計算..都還OK 抑制劑都有塞入環狀糊經的中間孔洞...

小机灵鬼

c00jsw00 发表于 2023-8-29 12:22
1.可以直接使用這一個web vina (https://durrantlab.pitt.edu/webina/)
2.設置好环糊精衍生物的center of  ...

家人啊，在你那个软件上对接出来是这个样子，这肯定不对啊，把API折叠成这样放在环糊精疏水孔中间，肯定不行啊

小机灵鬼

c00jsw00 发表于 2023-8-29 12:22
1.可以直接使用這一個web vina (https://durrantlab.pitt.edu/webina/)
2.設置好环糊精衍生物的center of  ...

我尝试了，在这个网站上已经运行了超过十个小时了，对接的结果还是没有出来，是我操作错了吗

c00jsw00

1.可以直接使用這一個web vina (https://durrantlab.pitt.edu/webina/)
2.設置好环糊精衍生物的center of mass
3.增加vina docking output 數量

小机灵鬼

认真看完啦，我以后会注意的，非常抱歉

sobereva

帖子发在该发的地方。这次给你移动了，以后注意
别自己在标题上写【求助】这种标签，http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html明确说了，这次给你改了，以后注意。