使用gmx clustsize进行团簇聚类分析中的-mol的问题

zhitengcheer

各位老师大家好，学生使用gmx clustsize对有机小分子（结构类似苯环）水溶液进行团簇聚类分析，其中使用命令gmx clustsize时注意到命令中“-mol”。学生想问的是
1：如果我是溶质分子进行聚类分析，是不是就加上“-mol”命令？
2：这条命令默认cutoff=0.35,加上“-mol”后是否会发生改变？且针对我这种情况不需要加“-cut 0.35”
3:我在使用"gmx make_ndx"命令创建索引时，对于我的溶质小分子，我可以取每个小分子中的一个原子吗？

sobereva

1 是
2 不需要加
3 想取就取，可以根据原子名选择