关于gmx density命令统计离子的数密度的问题

LHY1999LHY · 发表于 Post on 2023-9-10 15:35:43

大家好，最近使用GROMACS中的gmx density命令统计体系中的离子的数密度，产生了一些疑惑
如果输入gmx density -f ***.gro -s ***.tpr -n ***.ndx -dens num -d z -sl *** 统计的是某一帧的选定的某离子的数密度的话，输入gmx density -f ***.xtc -s ***.tpr -n ***.ndx -dens num -d z -sl *** -b 7000 -e 10000 统计得到的数密度，是指从7000ps 到1000ps范围内所有帧的某离子数密度的平均值吗？统计数密度的话是选某一帧还是选某一时间范围比较可靠，感谢各位大佬答疑解惑。

LHY1999LHY · 发表于 Post on 2023-9-11 08:12:30

sobereva 发表于 2023-9-10 20:08
是
显然应该取足够多的帧取时间平均，要不然数密度曲线是离散的，而且也没实际意义。谁也不会只关心一瞬间 ...

好的，谢谢您

sobereva · 发表于 Post on 2023-9-10 20:08:24

是
显然应该取足够多的帧取时间平均，要不然数密度曲线是离散的，而且也没实际意义。谁也不会只关心一瞬间时刻的离子分布

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