CP2K模拟OH自由基氢提取反应路径的CDFT相关问题

秋心 · 发表于 Post on 2023-9-12 16:26:18

本帖最后由秋心于 2023-9-12 18:06 编辑

各位老师好，使用CP2K模拟OH自由基通过氢提取反应路径与有机物的反应，在做OPT的时候发现轨迹中OH自由基慢慢靠近反应位点的氢并且夺取掉，这很明显是不正常的。仔细去检查了input文件，找不出任何问题。翻阅了公社上的帖子，我是不是应该用CDFT限制住OH自由基上氧原子的自旋布局数？然后再去做OPT?

harrypotty18 · 发表于 Post on 2023-12-9 00:38:35

秋心发表于 2023-9-12 19:49
谢谢卢老师您的回复。我是想在气相用meta-dynamic方法算出一个能垒然后与Gaussian得到的吉布斯自由能垒做 ...

请教你下您这个问题最后怎么解决了，我也遇到了类似的问题

秋心 · 发表于 Post on 2023-9-12 19:49:03

sobereva 发表于 2023-9-12 19:43
算这种体系的反应能垒完全不需要用metadynamics，直接用Gaussian找过渡态、极小点，算自由能求差得到自由能 ...

谢谢卢老师您的回复。我是想在气相用meta-dynamic方法算出一个能垒然后与Gaussian得到的吉布斯自由能垒做对比，验证meta-dynamic方法的准确性，这样我就可以做液相或者界面相的反应，然后对比不同反应媒介下对于这个反应的影响。

sobereva · 发表于 Post on 2023-9-12 19:43:27

算这种体系的反应能垒完全不需要用metadynamics，直接用Gaussian找过渡态、极小点，算自由能求差得到自由能垒就完了，用metadynamics是走弯路。计算方式得当的情况下能垒该是多少是多少

秋心 · 发表于 Post on 2023-9-12 18:07:30

sobereva 发表于 2023-9-12 17:10
怎么不正常？你描述的反应过程太正常了、没法更正常

上传这么个inp文件毫无意义，连结构都没有

谢谢卢老师的回复，是学生疏忽了。结构文件和轨迹文件已重新上传。学生想通过CP2K的meta-dynamic计算得到气相有机分子与OH自由基的反应能垒，所以在做之前先做一个OPT，使用的初始结构是Gaussian优化得到的预反应物结构。用Gaussian也算过这个反应的能垒，无论哪个位点都有较高的自由能垒。

sobereva · 发表于 Post on 2023-9-12 17:10:17

怎么不正常？你描述的反应过程太正常了、没法更正常

上传这么个inp文件毫无意义，连结构都没有

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