使用sobEDA做能量分解出现错误

锁塘柳烟池 · 发表于 Post on 2023-9-19 22:15:26

老师好，我在使用sobEDAw做能量分解做能量分解的时候遇到了点问题。
使用的是 G16.A03版本，Multiwfn（noGUI）用的是2023年9月9号的版本。
做的体系比较大。promol.out最后输出
Leave Link  202 at Tue Sep 19 02:03:00 2023, MaxMem= 67108864000 cpu:             0.6 elap:             0.0
(Enter /opt/software/g16/l301.exe)
Standard basis: 6-31+G(d,p) (6D, 7F)
Ernie: Thresh=  0.10000D-02 Tol=  0.10000D-05 Strict=F.
  4761 basis functions,  7767 primitive gaussians,  4761 cartesian basis functions
739 alpha electrons    739 beta electrons
   nuclear repulsion energy    62205.1833076789 Hartrees.
IExCor=  402 DFT=T Ex+Corr=B3LYP ExCW=0 ScaHFX=  0.200000
ScaDFX=  0.800000  0.720000  1.000000  0.810000 ScalE2=  1.000000  1.000000
IRadAn=    5 IRanWt=    -1 IRanGd=          0 ICorTp=0 IEmpDi=141
No data on chk file.
Error termination via Lnk1e in /opt/software/g16/l301.exe at Tue Sep 19 02:03:00 2023.
Job cpu time:    0 days  0 hours  0 minutes 23.8 seconds.
Elapsed time:    0 days  0 hours  0 minutes  0.3 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    6 Int=    0 D2E=    0 Chk=    1 Scr=    1
Error: segmentation violation
rax 0000000000000000, rbx ffffffffffffffff, rcx 0000147dcaf793db
rdx 000000000000000f, rsp 00007ffd3bca8e08, rbp 00007ffd3bca9380
rsi 000000000000000b, rdi 0000000000015df5, r8  00001400caf0b000
r9  00007ffd3bca8520, r10 00000000004017a9, r11 0000000000000202
r12 00007ffd3bca93c8, r13 0000000000000000, r14 0000000000000000
r15 00000000000003e6
  /lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0(+0x14420) [0x147dcb28b420]
  /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(kill+0xb) [0x147dcaf793db]
  /opt/software/g16/l301.exe() [0x6282c7]
  /opt/software/g16/l301.exe() [0x647731]
  /opt/software/g16/l301.exe() [0x6c14f1]
  /opt/software/g16/l301.exe() [0x673b09]
  /opt/software/g16/l301.exe() [0x41295b]
  /opt/software/g16/l301.exe() [0x408dae]
  /opt/software/g16/l301.exe() [0x403930]
  /opt/software/g16/l301.exe() [0x40386d]
  /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(__libc_start_main+0xf3) [0x147dcaf5a083]
  /opt/software/g16/l301.exe() [0x403769]
Aborted (core dumped)

附件是输入输出文件，谢谢老师。

sobEDA.sh (14.48 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

system.xyz (19.38 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

fragment.txt (34 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 1)

promol.out (94.29 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

result.txt (1.26 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

template.gjf (146 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 3)

promol.gjf (17.29 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

锁塘柳烟池 · 发表于 Post on 2023-9-20 10:16:35

sobereva 发表于 2023-9-20 02:55
6-31+G**耗时太高，我这里改用6-31G**跑了下，没出现问题，输出文件：

看看sobEDA教程里的例子是否都能 ...

谢谢sob老师，我试试

sobereva · 发表于 Post on 2023-9-20 02:55:44

6-31+G**耗时太高，我这里改用6-31G**跑了下，没出现问题，输出文件：

result.txt (2.77 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

看看sobEDA教程里的例子是否都能跑成功。如果能，检查下promol.fch，比如载入Multiwfn后能否进入主功能0正常看到轨道图，如果也没问题，手动运行unfchk promol.fch promol.chk看看显示什么，有可能是unfchk没成功。

如果发现formchk或unfchk步骤有问题，而且是可调用内存不够导致无法转换，把export GAUSS_MEMDEF=30GB加入用户目录下的.bashrc，然后重新进入终端，再重新跑sobEDA.sh。

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[综合交流] 使用sobEDA做能量分解出现错误