求助orca跑AIMD后分析处理

liurui

各位老师！最近在用orca的热浴方法跑小团簇的AIMD，拜读了sobereva老师的Chem. Asian. J. (2020) 和Carbon, 171, 514 (2021)两篇文章，并且关注到orca5支持metadynamics,现在有几点疑惑想请教：
1.因为研究的体系很多并且关注于体系逐渐增大过程中的质子转移过程，发现研究周期性体系质子转移大多关注质子转移频次，想问这对于孤立团簇是否有必要研究，什么是一次质子转移过程呢？指的是成键吗？还是单纯的相对位置变化？
2.看到老师您做了团簇的RMSD,请问老师这个是如何实现的？VMD？我尝试VMD只得到了两帧数间的RMSD，谢谢老师。
3，老师如何计算得到团簇的径向分布函数(RDF)呢？拉进xyz文件到vmd并未像其他软件显示原子类型，谢谢老师。
2.做完100ps的动力学后发现Multiwfn批量运行的帖子似乎需要每隔一段时间的gbw文件，想问老师这个有办法补救吗，还是需要重新跑动力学，加上这个dump gbw stride 20 filename "wfn"  # Dump wavefunction to "wfn[step].gbw" files every "stride" steps，Multiwfn批量处理
3.看了[Al(H2O)6]3+与NH3的例子，这里只有一个会发生质子转移，因此绘制自由能面为N-H和O-H距离以及对应能量做自由能图，对于多个键长变量的自由能图该如何考虑？
4.最后查到orca5支持metadynamics，似乎叫元动力学，研究发生概率比较低的反应，那么是否可以替代vensus计算的direct dynamics的post-transition state？谢谢各位老师！！！非常感谢！！！！

sobereva

1 完全取决于当前想研究什么。如果质子反复来回转移，你又对这个问题感兴趣，那么可以研究转移频率等问题

2 我不知道你说的团簇的RMSD具体指什么。轨迹分析中的RMSD是对于两个结构而言的，诸如同一个体系在两帧里的结构之间

3 说清楚算rdf的目的、体系是什么特征。不要盲目算rdf、乱讨论
xyz文件里根本不含原子类型信息。ORCA做的是AIMD，AIMD哪有原子类型的事，分子力场才涉及到原子类型

4 什么叫补救，什么前提都没说。

5 绘制二维PMF

6 没听说过vensus，只听说过VENUS