进行冻结分子时遇到问题

ngaoo · 发表于 Post on 2023-9-25 23:02:43

老师，我在对分子进行冻结的过程中遇到报错：

学生将gro文件在vmd中打开后，通过选择residue 75已经找到想要冻结的那一个分子，然后通过gmx make_ndx -f input.gro -o index.ndx命令下，选择了r 75后，显示20个原子，和我的目标分子的原子数对不上。
Q1：学生分析是上述原因导致了这个报错，希望老师能指点下！

sobereva · 发表于 Post on 2023-9-26 13:42:13

ngaoo 发表于 2023-9-26 11:16
老师，我的疑惑是：
gro文件在vmd中我查看的是residue，residue75是我想找的分子，我在创建索引组时，我 ...

你先搞清楚[position_restraints]前面的[moleculetype]到底是哪个分子，提示里写得明明白白，此类分子里面只有3个原子，位置限制里的原子序号显然不能超过3，你写的都上千了，能不报错么
搞清楚拓扑文件的基本逻辑，自然就知道怎么解决

ngaoo · 发表于 Post on 2023-9-26 11:16:51

本帖最后由 ngaoo 于 2023-9-26 11:18 编辑

sobereva 发表于 2023-9-26 03:19
分清楚冻结和限制，完全是两码事，仔细看
解析gromacs的restraint、constraint和freeze
http://sobereva. ...

老师，我的疑惑是：
gro文件在vmd中我查看的是residue，residue75是我想找的分子，我在创建索引组时，我选择的是residue进行编号的，选择了对应的分子后，它后面的原子数对应不上这是因为什么？

sobereva · 发表于 Post on 2023-9-26 03:19:55

分清楚冻结和限制，完全是两码事，仔细看
解析gromacs的restraint、constraint和freeze
http://sobereva.com/10

[position_restraint]里的原子序号指定的是其前面定义的那个[moleculetype]对应的分子里的原子序号，而不是整个结构文件里的全局原子序号。另外注意VMD里index序号从0开始计，而拓扑文件里原子序号从1开始记

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