为什么在mdp文件中输入分子冻结的参数后，进行npt时出现报错

ngaoo · 发表于 Post on 2023-9-28 22:11:52

本帖最后由 ngaoo 于 2023-9-28 22:58 编辑

老师，我在npt.mdp中设置了冻结分子的参数：freezegrps             = a_1276-1303
                                                               freezedim             = Y Y Y

在nvt.mdp中加入上述分子冻结的参数后，进行nvt模拟的时候，可以完整的跑下去，但是在npt.mdp中加入冻结的参数后出现报错：Step 0  Warning: pressure scaling more than 1%, mu: 9.94341e+20 9.94341e+20 9.94341e+20
学生仔细排查了，当在npt参数文件中去除冻结参数后，npt就可以正常进行了。
Q1:不知道什么原因导致这个现象？

npt.mdp (2.9 KB, 下载次数 Times of downloads: 13) 这是我的npt.mdp文件，请老师看看是否有问题

sobereva · 发表于 Post on 2023-9-30 05:08:55

ngaoo 发表于 2023-9-29 11:21
老师，我用1fs和不加键约束跑完了，体系也弛豫了，相对平稳了，我想续跑之前的2fs和加氢键约束应该怎么续 ...

mdp照常设氢键的约束、2fs，基于之前的gro文件产生新的tpr
论坛首页全文搜索框搜 gromacs 续跑，回答过无数次

ngaoo · 发表于 Post on 2023-9-29 11:21:42

sobereva 发表于 2023-9-29 06:06
分清楚warning和报错

1fs步长根本不需要用constraints = hbonds。2fs步长才需要

老师，我用1fs和不加键约束跑完了，体系也弛豫了，相对平稳了，我想续跑之前的2fs和加氢键约束应该怎么续跑呢？

sobereva · 发表于 Post on 2023-9-29 06:06:31

分清楚warning和报错

1fs步长根本不需要用constraints = hbonds。2fs步长才需要

ngaoo · 发表于 Post on 2023-9-28 22:57:32

老师，刚才学生又仔细阅读了gromacs的restraint、constraint和freeze的博文http://sobereva.com/10，
发现将npt.mdp中的键约束相关参数删除后，此时加入冻结分子的有关参数就可以完整的跑完npt。
Q2:学生想问在npt过程中删除键约束对结果有没有影响？
请老师解答下这两个问题，谢谢老师。

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