PyMOL软件如何做分子叠合

jackie

PyMOL软件如何做分子叠合？

liyuanhe211

Luoluoland 发表于 2022-5-25 22:02
搜得到，但是对于新手还是有难度。比如我

· 信口胡说。提问者幻想自己做了并未做过的努力，尤其是在别人批评其未做检索、未按之前的回答尝试、未按提供的博文尝试时。常见模式含：

                “说的我都试过了”     （这种情况多数是分明只试了一两个就不耐烦等不及了，根本没做到“都试过”；甚至发现有的根本就没有试、不爱看长文，这么说只是为了让人直接给出一个关键词。像诸如SCF不收敛、几何优化不收敛之类的常见错误，Sob的博文里几乎罗列了所有Gaussian内部能做到的事情。如果真的遇到了罕见的难以想象的情况，都试了什么、错误的情况分别如何，请一个一个罗列出来以便讨论。）
                “我搜过了没有找到” （并不是说这句话本身有问题，而是有很多人的问题极端无脑，诸如“GGA全称是什么”之类，Google一下就是前三条结果之内的东西，却说搜不到）
                “我看了没有看懂”    （这种回复着实令人反感。博文又不是文言文写的，也不像（你本应去看的）原始文献里全是公式和方程。
                         真正认真读过博文、认真思考的人绝不可能整篇文章“没有看懂”，他们问此问题都会十分具体、并一般经过自己思考有了自己的猜想，如:

                                      “文中XXX这句话是如何得出的？”
                                      “这一步是这样操作、还是那样操作”
                                      或者已经做了尝试，“为什么这样操作与原文不同”
                                      或对文中的句子进行转述（而不是原话粘贴），询问“是否应该这样理解”
                         而很少有说“都没有看懂”、“这段话没看明白”。
                         经验表明这些 “我看了博文没有看懂”，甚至 “我看了很多遍博文没有看懂”人常常是点开博文、看到有进度条就想说 tl;dr 的人；
                         常常是连几千个汉字都懒得顺序阅读，Ctrl+F 一下自己想要的关键词、发现没有、就来说“看了没看懂”的人。）

Luoluoland

liyuanhe211 发表于 2016-9-6 21:57
搜一下很难吗？

搜得到，但是对于新手还是有难度。比如我

sobereva

xxzj 发表于 2019-9-6 15:18
老师，您好，我在一篇文章中看见了这样一句话“The partial and total density of states (DOS) were cal ...

没听说过PyMOlyze，不知道

xxzj

sobereva 发表于 2016-9-7 05:49
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老师，您好，我在一篇文章中看见了这样一句话“The partial and total density of states (DOS) were calculated by PyMOlyze program”，我想请教一下老师，该程序是如何进行态密度计算的，与Multiwfn中计算的是一样的吗？辛苦老师了

jackie

liyuanhe211 发表于 2016-9-6 21:57
搜一下很难吗？

已搜到谢谢~那pymol软件叠合分子时是已哪个为基准，C-alpha, main-chian atoms 还是 all atoms呢？

sobereva

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liyuanhe211

搜一下很难吗？