求助在Gromacs做能量最小化时出现No default Bond types的问题

Autonomy_W · 发表于 Post on 2023-10-11 20:36:12

各位老师好
我使用CGENFF将所需要的小分子产生top、itp等文件，使用packmol创建盒子产生pdb文件，在gromacs上将pdb文件转为gro文件，然后在gromacs上将力场和小分子的itp文件include进top文件在，通过命令gmx grompp -f em.mdp -c box.gro -p box.top -o em.tpr进行能量最小化，产生错误，请大家指导一下，谢谢，错误截图以及文件附下。

boqiang · 发表于 Post on 2023-10-13 08:54:47

建议直接使用sob老师的sobtop直接产生itp，top文件，参考：http://sobereva.com/soft/Sobtop/

wanzongliang · 发表于 Post on 2023-10-12 11:07:03

请问您解决了吗，我和您出现了一样的问题

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[GROMACS] 求助在Gromacs做能量最小化时出现No default Bond types的问题

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