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[GROMACS] gmx cluster命令得出的histo-clust.xvg图像的含义是什么

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各位老师好,gmx cluster命令得出的histo-clust.xvg图像纵坐标的含义是什么,是包含n个原子的团簇出现的频率还是概率?以及这个图像的计算公式是什么?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-15 18:45:17 | 只看该作者 Only view this author
pu1p 发表于 2023-10-15 11:50
谢谢sob老师,想请问一下这个图的计算公式是什么,我在GROMACS 用户手册以及其他地方都没查到

谢谢sob老师的解答

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发表于 Post on 2023-10-15 16:04:24 | 只看该作者 Only view this author
pu1p 发表于 2023-10-15 11:50
谢谢sob老师,想请问一下这个图的计算公式是什么,我在GROMACS 用户手册以及其他地方都没查到

对于N个分子的簇,把所有帧里所有这样的簇的数目相加,除以帧数
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-15 11:50:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-10-13 04:00
每一帧中不同尺寸簇的平均数目
比如1是128.403,代表含1个分子的簇的数目取时间平均是128.403,即平均每帧 ...

谢谢sob老师,想请问一下这个图的计算公式是什么,我在GROMACS 用户手册以及其他地方都没查到

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发表于 Post on 2023-10-13 04:00:50 | 只看该作者 Only view this author
每一帧中不同尺寸簇的平均数目
比如1是128.403,代表含1个分子的簇的数目取时间平均是128.403,即平均每帧有128.403个含1个分子的簇
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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