计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 740|回复 Reply: 7
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 求助计算静水压强

[复制链接 Copy URL]

232

帖子

0

威望

1164

eV
积分
1396

Level 4 (黑子)

各位老师,学生想粗略模拟二聚体从平衡结构到产生一定形变所需要的压强,可能有三种方法可以对此进行计算,想请各位老师帮忙看一下!!!谢谢各位老师!!!
1.根据sobereva老师的帖子:谈谈分子体积的计算 - 思想家公社的门口:量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com);计算得到了分子体积,根据压强等于形变能量与形变体积的比值,这里的形变能近似为分子总能量的变化量,这种方法计算的压强为GPa量级;
2.看到之前有同学问的帖子:压强等于对原子的力的和与表面积的比值:如何在量化计算中引入压强因素 - 量子化学 (Quantum Chemistry) - 计算化学公社 (keinsci.com);这种方法是否合理呢?这里的对原子的力和表面积该如何计算呢?
3.因为研究的体系是气相下的二聚体,想着是否可以用理想气体的物态方程来进行计算P=nKT, n=N/V, 这里的N因为是二聚体所以等于2,V是计算的Bader分子体积,这种方法计算产生一定形变需要施加的压强为MPa量级;


2方法的文献为

1.PNG (207.33 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

1.PNG

s41467-021-21836-7.pdf

2.31 MB, 下载次数 Times of downloads: 0

232

帖子

0

威望

1164

eV
积分
1396

Level 4 (黑子)

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-18 08:52:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-10-18 04:13
建议参考综述Int J Quantum Chem. 2021;121:e26208

收到,谢谢老师,我马上仔细阅读

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112462

管理员

公社社长

7#
发表于 Post on 2023-10-18 04:13:36 | 只看该作者 Only view this author
建议参考综述Int J Quantum Chem. 2021;121:e26208
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

232

帖子

0

威望

1164

eV
积分
1396

Level 4 (黑子)

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-17 10:06:44 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-10-16 23:26
前两种可以用来估算压强的量级,但是有条件的话最好还是在NPT系综下跑MD,也就是改变MD的压强直至二聚体 ...

老师,我又看到这个帖子,也有同学问了原子力,gaussian有force命令,帖子为:http://bbs.keinsci.com/forum.php ... =%D4%AD%D7%D3%C1%A6  ,老师,我用的molpro进行的量化计算,该如何得到原子力呢?然后对原子力求和除以表面积,谢谢老师!非常感谢!!!

232

帖子

0

威望

1164

eV
积分
1396

Level 4 (黑子)

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-17 10:00:45 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-10-16 23:26
前两种可以用来估算压强的量级,但是有条件的话最好还是在NPT系综下跑MD,也就是改变MD的压强直至二聚体 ...

谢谢老师!我用第一种方法算量级大了一个量级,从以往相似体系的实验推出的,想尝试一下第二种方法进行计算,分子的表面积可以从帖子得到:http://bbs.keinsci.com/forum.php ... =%B1%ED%C3%E6%BB%FD  ,但是对原子的力该如何计算呢?谢谢老师!非常感谢!!!

1万

帖子

0

威望

7400

eV
积分
18164

Level 6 (一方通行)

4#
发表于 Post on 2023-10-16 23:26:20 | 只看该作者 Only view this author
liurui 发表于 2023-10-16 12:03
老师考虑的有道理,那么这种情况第三章种方法是否不适用了,也就是说需要用前两种的一种来计算吗?谢谢老 ...

前两种可以用来估算压强的量级,但是有条件的话最好还是在NPT系综下跑MD,也就是改变MD的压强直至二聚体产生所需程度的形变,然后读当前压强
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员

232

帖子

0

威望

1164

eV
积分
1396

Level 4 (黑子)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-16 19:03:54 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-10-16 18:07
气相下的二聚体,如果压强大到引发可以观测到的形变,二聚体必然已经凝结成液体甚至固体了。你确定你既要研 ...

老师考虑的有道理,那么这种情况第三章种方法是否不适用了,也就是说需要用前两种的一种来计算吗?谢谢老师!非常感谢!!!

1万

帖子

0

威望

7400

eV
积分
18164

Level 6 (一方通行)

2#
发表于 Post on 2023-10-16 18:07:29 | 只看该作者 Only view this author
气相下的二聚体,如果压强大到引发可以观测到的形变,二聚体必然已经凝结成液体甚至固体了。你确定你既要研究气相,又要研究压强导致的形变?
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-26 11:54 , Processed in 0.306299 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list