求助：pmemd的输出1-4 VDW值为什么很大？

灵芝5

老师，您好！

我搭建了一个膜蛋白加小分子的体系，用amber18跑模拟。

在第一步能量最小化时，min.out文件中的1-4 VDW值很大，大约=54249850.3830，请问这是有问题吗？

另外，请问老师，min.out文件里的1-4 VDW、1-4 EEL、RESTRAINT、EAMBER 这些值分别代表什么意思呢？

student0618

alee1046 发表于 2024-6-21 15:35
您好 我也遇到了  我是charm-gui生成的膜结构  最小化完了  1-4VDW和bond还有eamber 是很大的 非常大 加热 ...

檢查一下結構有沒有重疊的原子或其它不合理的地方。
如果使用CHARMM-GUI生成的input文件可能要修改一下或再加一個minimization step。加熱前最小化的Input file不要加position restraint 看看能不能解決問題。CHARMM-GUI 提供的文件有機會限制了水以外所有分子。

alee1046

您好 我也遇到了  我是charm-gui生成的膜结构  最小化完了  1-4VDW和bond还有eamber 是很大的 非常大 加热直接报错。生成膜结构之前 做过最小化  但加了膜  跑md的时候 就是搞不下去  

灵芝5

谢谢老师解答。

老师，我检查了生成参数用的初始结构，结构有不合理的地方，猜想是因为结构不合理体系值才是正的。

老师，我在用tleap给体系加离子的时候，离子加到了盒子外面（如下图）正常吗？如果不正常应该怎么更正呢？离子的个数计算方法是用  水的个数*0.018*0.15mol/L。

abdoman

灵芝5 发表于 2023-10-18 20:22
谢谢老师答复。

请问这些值的解释说明大约在amber18手册的第几章呢？

这个错误是用GPU跑heat 经常容易出现的。就是你heat过程中，density前后变化太大。
2个办法：
1. 用cpu跑。heat本来时间短，cpu 也不会差太多。
2.用gpu跑，但是切割成多个文件。比如你heat整个跑100ps，那就10ps一个文件。

但这仅仅是解决了程序计算问题，至于你体系为啥是正值，就不得而知了。

灵芝5

谢谢老师答复。

请问这些值的解释说明大约在amber18手册的第几章呢？

是呀，很奇怪，我跑其它体系的时候没有这么大的值。

老师，我之后又运行了加热。但是运行heat的时候，程序报错如下

min_1.out和heat.out上传到附件了。

abdoman

amber说明书有解释，或者搜一下就有。
比如：http://archive.ambermd.org/201308/0239.html

话说，你这个咋是正值，而且还这么大呢？