请教含假原子的经典MD如何运行

neoxialulu

老师您好。我在一个Al2O3-SiO2玻璃的中央画一定半径删除原子造孔，这样破坏了Al和Si的配位数。为了恢复Al和Si的配位数，请问如下的MD有办法做吗：在中央放一个半径很大的假原子，其位置固定且与其他原子无任何相互作用。之后通过经典MD平衡体系，让Al和Si重新键合游离的O。还请指导。

从下方图一可以看到，删除原子前，Si和Al配位数较好，多为四配位。删除原子后，Si的配位数有明显破坏
下方图二显示了建模图，期望在图二（右）的中央放置假原子，进行MD平衡以修复配位数。