Amber输入文件转换为Gromacs后盒子信息丢失

ZetaFunction

我习惯用Amber的tleap构建力场，最近打算使用Gromacs模拟，用Parmed把Amber产生的inpcrd和prmtop文件转换为Gromacs的gro和top文件后，模拟发现原本截角八面体的周期性盒子变成了长方体，Gromacs也支持截角八面体盒子，疑似是盒子信息在转换中丢失了？请问各位老师要怎么才能正确识别盒子参数？如果要手动输入在gro文件末尾的话要怎么输入？

ZetaFunction

sobereva 发表于 2023-10-24 04:58
自己把TIP3P的itp文件手动include到top里就完了。原子名都不用非得改，原子顺序能对上即可。

感谢老师解答，希望老师能帮我看一下Gromacs+CP2K的报错，我对CP2K不怎么熟悉，在网上搜索相关信息也没找到同样的错误。

sobereva

ZetaFunction 发表于 2023-10-24 04:55
感谢老师解答，我已经重新用Gromacs建立盒子了，但是还有些问题想要请教。

我先用tleap建立含有部分结 ...

自己把TIP3P的itp文件手动include到top里就完了。原子名都不用非得改，原子顺序能对上即可。

ZetaFunction

sobereva 发表于 2023-10-24 04:10
我不知道你是怎么观看的盒子
gromacs里截角八面体等价于特殊的三斜盒子，trjconv结合-compact ur的时候才 ...

感谢老师解答，我已经重新用Gromacs建立盒子了，但是还有些问题想要请教。

我先用tleap建立含有部分结晶水但不包含溶剂的力场，把prmtop文件转换为top文件后要怎么把tip3p的力场信息添加进去？我看Gromacs教程里tip3p的力场信息都是在第一步pdb2gmx的时候就添加进去的。我把转换后top文件里来自amber的tip3p力场信息手动更改为了gromacs的格式，把WAT改为SOL，原子名也做了些修改，模拟可以正常运行，看上去似乎没什么问题。请问这样做可以吗？我检查Gromacs的tip3p.itp文件，对比后发现力场部分有所出入，原子名和参数的末位小数应该无关紧要，但是好像键连接的定义方式都不太一样。

另外，其实我的主要目的是想用Gromacs连接CP2K做QM/MM MD，但是CP2K总是报错，把模拟步长设为1fs、改为nvt，先能量最小化等等方法都尝试过了都不行，连一帧都算不了。我不清楚是不是我的力场有问题，有人告诉我可能是盒子的信息不对，请问CP2K只能接受cubic的盒子吗？更详细的描述在这里：http://bbs.keinsci.com/forum.php ... mp;page=1#pid267193

sobereva

我不知道你是怎么观看的盒子
gromacs里截角八面体等价于特殊的三斜盒子，trjconv结合-compact ur的时候才能把原子坐标转成截角八面体的记录方式

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的ppt：