使用GMX模拟两种分子在基底上沉积时报错原子间距离超出截断值

Yaocy

老师们好，我在利用GROMACS模拟两种有机小分子（A分子和B分子）以一定比例沉积到基底上的过程，模拟中发现当体系中同时存在A和B分子时grompp会报错：

1. The largest distance between excluded atoms is 13.058 nm between atom 4117 and 4226, which is larger than the cut-off distance. This will lead to missing long-range corrections in the forces and energies.

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4117和4226这两个原子是同一个分子上的两个不互相成键的原子，检查gro文件中分子结构是完整的，这两个原子也没有相距很远。此外，使用同样的方法单独模拟A分子或B分子的沉积时均不会发生此错误，应该可以排除拓扑文件的问题（模拟使用的力场是GAFF)。

模拟用的mdp文件中相关参数如下

1. nstlist         = 10
   
2. ns_type         = grid
   
3. coulombtype     = PME
   
4. pme_order       = 4
   
5. cutoff-scheme   = Verlet
   
6. fourierspacing  = 0.16
   
7. rlist           = 1.0

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1. rcoulomb        = 1.0
   
2. vdwtype         = cut-off
   
3. rvdw            = 1.0
   
4. pbc             = xy

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A分子结构如下，B分子具体结构抱歉不便展示。

Yaocy

Donalaren 发表于 2024-11-6 23:52
请教一下您，我是新手，也遇到了同样的问题，如下图：atom3737是H原子，atom3739是另一个水分子的O原子。
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是的，水分子应该在甲烷之前。但快速排序的方法我不确定是否有一定合适的，我一般用packmol搭建初始结构

Donalaren

请教一下您，我是新手，也遇到了同样的问题，如下图：atom3737是H原子，atom3739是另一个水分子的O原子。
如果是两相体系，有水分子和甲烷分子。在[molecules]中水分子在甲烷分子之前，那么.pdb文件中的所有水分子都要出现在甲烷分子之前吗？
我的.pdb文件是通过Multiwfn生成的3*3*3的水合物超胞，这样生成的文件中，水分子和甲烷分子顺序是混乱的。怎么能够快速地把.pdb文件中两种分子的顺序排列好呢？

Yaocy

谢谢社长果然是结构文件中顺序混乱导致的

sobereva

检查一下[molecules]和gro文件的对应关系，看看是不是原子/分子顺序错了