计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 723|回复 Reply: 6
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[硬件] vasp跑md时,交两个作业的速度只有单独交一个作业速度的一半,可能是什么原因?

[复制链接 Copy URL]

29

帖子

0

威望

445

eV
积分
474

Level 3 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
本帖最后由 lue611 于 2023-11-27 19:28 编辑

又遇到问题了想请教各位大佬,再买了4根内存插上,一共是8根内存,一个作业32核一步变成了50多s,两个作业每个32核一步是100s多点
后面又把内存插满了,变成16根内存,但是发现速度相比8根内存并没有加快,想问问这是正常的吗?可能是什么原因导致的?我本来以为插16根能比插8根再加快一截呢。。。
主板是X12DAi-N6

---------------------------------

组内有个80核的服务器,intel8383c*2,内存32G*4,在用vasp跑md时,交一个作业32核一步要100s,交两个作业每个作业32核,一步却要200s,把其中一个作业停了后一步恢复到100s左右的速度
明明核心数是够的可是计算速度却大打折扣,求助大佬这可能是什么原因?

29

帖子

0

威望

445

eV
积分
474

Level 3 能力者

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-27 19:29:27 | 只看该作者 Only view this author
顶一顶,又遇到新问题了编辑在了一楼,谢谢大家了!

29

帖子

0

威望

445

eV
积分
474

Level 3 能力者

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-28 22:44:50 | 只看该作者 Only view this author
啊不错的飞过海 发表于 2023-10-26 14:45
看你的需求。少插对内存超频/降低延迟友好,多插对带宽友好,如果主要是跑VASP的话8GBx16确实更好。
不 ...

一个作业大约要20G的内存,容量应该很够
绑定了一下核心,发现效果一般,可能真的是内存的锅了,我这就跟师兄说说
非常感谢大佬!

186

帖子

1

威望

505

eV
积分
711

Level 4 (黑子)

5#
发表于 Post on 2023-10-26 14:45:10 | 只看该作者 Only view this author
lue611 发表于 2023-10-25 16:37
你好我查了下,显示的是这样的,不懂这是不是您说的“内存全插在一个CPU的4根不同通道”,对 ...

看你的需求。少插对内存超频/降低延迟友好,多插对带宽友好,如果主要是跑VASP的话8GBx16确实更好。
不确定你这个显示和内存物理分布是怎么映射的,以常理推断你现在的插法应该是两个CPU各2根。这种插法比较适应两个CPU各有不相干的两个任务、内存带宽需求也不太大的情况,可以试试numactl把任务和NUMA节点(对8383c来讲就是CPU)绑定起来先看看效果,再确定是不是内存带宽的锅。
还有一种可能是128GB内存不够用,双任务时候用虚拟内存了,也会变慢。你注意过双任务时候的内存占用吗?

29

帖子

0

威望

445

eV
积分
474

Level 3 能力者

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-25 16:37:53 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lue611 于 2023-10-25 16:47 编辑
啊不错的飞过海 发表于 2023-10-25 14:05
内存怎么才插这么几根?瓶颈大概率是访存而非计算,你这4根内存是插在一个CPU的插槽上还是均匀分布?通道分 ...

你好我查了下,显示的是这样的,不懂这是不是您说的“内存全插在一个CPU的4根不同通道”,对电脑不是很了解见谅
以及最好的方式是插成8G*16的吗
主板是X12DAi-N6,看了下是4通道的
        Size: 32 GB
        Size: No Module Installed
        Size: No Module Installed
        Size: No Module Installed
        Size: 32 GB
        Size: No Module Installed
        Size: No Module Installed
        Size: No Module Installed
        Size: 32 GB
        Size: No Module Installed
        Size: No Module Installed
        Size: No Module Installed
        Size: 32 GB
        Size: No Module Installed
        Size: No Module Installed
        Size: No Module Installed




186

帖子

1

威望

505

eV
积分
711

Level 4 (黑子)

3#
发表于 Post on 2023-10-25 14:05:45 | 只看该作者 Only view this author
内存怎么才插这么几根?瓶颈大概率是访存而非计算,你这4根内存是插在一个CPU的插槽上还是均匀分布?通道分配是4x1还是2x2?设核心绑定了吗?
一个权宜之计是把内存全插在一个CPU的4根不同通道上,然后把任务绑定到那个CPU上,这样单任务速度能正常点。有条件多插几根还是多插几根为上。

2302

帖子

1

威望

5481

eV
积分
7803

Level 6 (一方通行)

2#
发表于 Post on 2023-10-25 08:58:22 | 只看该作者 Only view this author
内存条数量
High-Performance Computing for You
为您专属定制的高性能计算解决方案

更多讯息,请访问:
https://labitc.top
http://tophpc.top:8080
电邮: ask@hpc4you.top

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-27 08:53 , Processed in 0.252645 second(s), 22 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list