如何展现IRC里的电子转移

火星哥 · 发表于 Post on 2023-10-25 10:46:10

目前可以使用的软件为Gaussian和Orca,然后我想借助IBOview这个软件去沿反应路径展现电子的转移趋势，①目前遇到的问题是将IRC.chk转成.fchk然后再用Multiwfn转成.molden，IBOview软件打不开，请问是我理解错说明书还是我操作错了。②由于反应是从r(0,1)→u(0,3),过渡态为u(0,1),所以我分别用r(0,1)和u(0,3)得到的IRC是否能正确的展现我的反应实际的电子流向呢？

qomolangma · 发表于 Post on 2023-10-31 19:28:25

IBOviewer不是有IRC的xyz文件就行了吗？

火星哥 · 发表于 Post on 2023-10-25 11:33:03

paramecium86 发表于 2023-10-25 11:18
以前试过这样转换过来打开不太行。如果一定要用IBO的话，可以换个方式比如用orca把每帧算个单点 gbw转成mol ...

未必一定要用IBO只是遇到困难了，我看说明书里有提到ORCA，双管齐下吧，多学一点东西不吃亏

火星哥 · 发表于 Post on 2023-10-25 11:32:14

sobereva 发表于 2023-10-25 10:46
Multiwfn对IRC各帧波函数做轨道定域化就能展现电子转移，手册里都有具体例子

Multiwfn的轨道定域化功能 ...

嗯，谢谢老师，我先看看您的帖子。

paramecium86 · 发表于 Post on 2023-10-25 11:18:23

以前试过这样转换过来打开不太行。如果一定要用IBO的话，可以换个方式比如用orca把每帧算个单点 gbw转成molden.input这种就可以看

sobereva · 发表于 Post on 2023-10-25 10:46:44

Multiwfn对IRC各帧波函数做轨道定域化就能展现电子转移，手册里都有具体例子

Multiwfn的轨道定域化功能的使用以及与NBO、AdNDP分析的对比
http://sobereva.com/380（http://bbs.keinsci.com/thread-6053-1-1.html）

还可以绘制IRC过程中不同原子的电荷变化曲线，用脚本调用Multiwfn实现非常容易，参考
详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法
http://sobereva.com/612（http://bbs.keinsci.com/thread-24929-1-1.html）
产生Gaussian的IRC和SCAN任务每个点的波函数文件的工具：IRCsplit和SCANsplit
http://sobereva.com/199

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[波函数分析求助] 如何展现IRC里的电子转移