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[CP2K] CP2K算CO频率时NPROC_REP如何设置?

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本帖最后由 caiar 于 2023-10-29 18:59 编辑

各位老师好,我根据卢老师的CP2K讲义在进行振动分析过程中,遇到如下问题:
       起初是按照第一版讲义的133页内容,将&VIBRATIONAL_ANALYSIS中的NPROC_REP设置为1,提交作业后,发现总是中途停止。用卢老师提供的示例结构来跑,完全没问题,经过一系列排除之后,发现是由于我的体系所需盒子太大,具体盒子尺寸为ABC 25 25 25,为了解决这个问题,我尝试将NPROC_REP设置为40,作业可以顺利跑下去。
       但是,有相当一部分结构还是在中途停止,查看报错文件(如下附件slurm-3312156.out)后,发现可能是由于这个作业占用太多服务器资源,所以被迫停止。同时服务器管理员也通知我的作业占据过多资源(通知内容:注意限制程序开的线程数不得超过申请的CPU核数。以下作业每个节点只有24核,但作业开了200多线程,均已杀掉。),我当前使用的服务器为24核。
       我现在不知道该如何更改NPROC_REP了,有没有老师能给出些建议啊



cp2k.sh

229 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 9

提交作业脚本

freq.out

12.52 KB, 下载次数 Times of downloads: 3

IR_freq.inp

4.65 KB, 下载次数 Times of downloads: 11

protein.xyz

7.2 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

结构

slurm-3312156.out

38.64 KB, 下载次数 Times of downloads: 3

含报错内容的文件

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发表于 Post on 2023-10-30 10:56:09 | 只看该作者 Only view this author
个人经验,最好设置为n*n=N(N是调用的核数)

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发表于 Post on 2023-10-30 02:07:19 | 只看该作者 Only view this author
用psmp必须自己设OMP_NUM_THREADS,北京科音CP2K第一性原理计算培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html)上我讲"CP2K的基础知识"的部分强调了


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