用于CHARMM力场的小分子原子电荷的问题

lucl13

准备配套于CHARMM力场的小分子力场的常规做法是利用CGenff服务器产生str文件，如果使用的是Gromacs需要利用官方的cgenff_charmm2gmx_py3_nx2.py脚本产生itp以及prm文件。但是在某些情况下str文件中原子电荷的惩罚项比较高，需要手动修复。CHARMM力场在进行原子电荷拟合是为了最大程度重现与水分子的相互作用。利用vmd中的fftk工具可以实现该优化，但是所用的理论级别极其之烂为HF/6–31G(d)，对于带电的小分子定性描述准确都很困难。所以有以下两个问题：
1. 在这种情况下应该为了与原始计算（CHARMM力场）相匹配，继续使用HF/6–31G(d)，还是调整使用更加精确的理论级别。
2. 能否使用RESP电荷，但是RESP电荷的原理和CHARMM力场不匹配。

sobereva

1 原则上应当用更加精确的。但如果牵扯到和其它用HF/6-31G*或近似生成的原子电荷的分子结果做横向对比，考虑误差抵消问题有可能用HF/6-31G*更合适。

2 RESP原理上并非不匹配，反倒是在原理上可以用，只不过兼容性关系没有系统性检验。