rerun计算相互作用能时如何把包含不同残基归到一个组写进mdp文件中

五月雨

模拟体系中包含一个硫酸液滴，下面是我模拟的体系的具体信息。我想计算硫酸液滴与MEA的相互作用能，该怎么在mdp文件中表示？

1. [ molecules ]
   
2. ; Compound        #mols
   
3. SO4-2    106
   
4. H3O+    212
   
5. SOL       2038
   
6. MEA      4
   
7. CO2      1254
   
8. SOL       4500
   
9. N2         16725
   
10. O2         1046

复制代码

我使用a 1-7492命令建立硫酸液滴组，但我不知道该怎么写进mdp文件中。
energygrps  = MEA CO2 SOL
请问各位老师应该怎么写？

Frozen-Penguin

五月雨 发表于 2023-10-28 23:04
但是我写入a1-7492在mdp里不行啊，显示报错

仔细看ndx文件里面的组名是什么，如果你用a1-7492选择，并且没有修改过组名的话，ndx文件中的组名应该是a_1-7492而不是a107492

五月雨

Frozen-Penguin 发表于 2023-10-28 22:04
在make_ndx界面给新建的组重命名，或者直接在ndx文本文件里面修改组名，然后在mdp里面写对应的组名
例如， ...

但是我写入a1-7492在mdp里不行啊，显示报错

Frozen-Penguin

在make_ndx界面给新建的组重命名，或者直接在ndx文本文件里面修改组名，然后在mdp里面写对应的组名
例如，如果想要在mdp中选中下面这一组，填入test_group就可以了

1. [ test_group ]
   
2. 1 2 3 4 5 6

复制代码

mdp里其他设计group的都可以用类似的操作处理