gmx hbond工具进行氢键分析数据解读和作图求助

莫落

1、gmx hbond工具进行氢键分析分析时，得到两列数据：
@    title "Hydrogen Bond Distribution"
@    xaxis  label "Donor - Acceptor Distance (nm)"
@    yaxis  label ""
@TYPE xy
    0.0025          0
    0.0075          0
    0.0125          0
    0.0175          0
    0.0225          0
    0.0275          0
    0.0325          0
    0.0375          0
    0.0425          0
。。。
    0.2225          0
    0.2275 0.000401376
    0.2325  0.0402781
    0.2375    0.74106
    0.2425    4.95565
    0.2475    15.1391
    0.2525    26.4546
    0.2575     30.962
    0.2625    27.6818
    0.2675    20.8525

求助y列（第二列）的意义，如果是概率，为啥还有好几十的数据？
2、在文献中看到一个径向角分布函数，如下图所示：



猜想是根据hbang.xvg和hbdist.xvg里的数据做的，猜想是分别把角度和距离作为x，y轴，然后各自对应的密度分布相乘后作为Z轴，绘制成的云图，求有经验的朋友指导，谢谢！

sobereva

莫落 发表于 2023-10-31 21:15
感谢社长，另外我还有几点疑问麻烦社长解答：
1、hbang.xvg里的数据，前面一列是角度，后面一列应该对应 ...

1 不是加和为1，而是积分为1
hbdist类似，体现距离分布概率
没法直接乘。距离和角度不是无相关性的

2 说清楚怎么得到的
如果是我说的那种自写VMD tcl做法，脚本给出的是每一帧在(r,theta)图里的位置，转化成概率分布是之后的事（用origin之类实现，或者直接就通过VMD tcl脚本实现）

3 只能区分组间和组内的氢键。不是以分子为单位的。

莫落

sobereva 发表于 2023-10-30 02:28
1 曲线的积分为1，是归一化的

2 自己写个VMD脚本对每一帧的结构计算对应的r和theta，散点数据弄到诸如Or ...

感谢社长，另外我还有几点疑问麻烦社长解答：
1、hbang.xvg里的数据，前面一列是角度，后面一列应该对应的是角度的统计分布概率，加和为1；那对应hbdist里的第二例是什么意义呢？如果也是概率，那我把这两列对应相乘也会得到一个矩阵，能绘制成温度图；
2、VMD得到的r和theta是分布概率吗？
3、gmx hbond可以区分分子内氢键和分子间氢键吗？VMD可以吗？
再次感谢社长

sobereva

1 曲线的积分为1，是归一化的

2 自己写个VMD脚本对每一帧的结构计算对应的r和theta，散点数据弄到诸如Origin里，转化成概率密度分布，绘制成填色图就完了。跟gmx hbond没关系